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测转录组只能有一个物种kegg分析物种吗
如题所述
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推荐答案 2017-09-18
转录组是指某个物种或特定细胞在某一生理功能状态下,细胞内所有转录的mRNA产物的集合,包含了时间和空间的限定,是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带。转录水平的调控是目前研究最多的,也是生物体最重要的调控方式。应用高通量技术进行转录组测序是一种快捷可靠的获取转录组信息的方法。mRNA的转录本表达分析,通过获得研究对象基因组转录区域的信息,鉴定转录发生位点,可变剪切等,其精确的计数方法更可对基因进行精确的定量分析。
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转录
测序中的nr,nt,swissprot,cog,
kegg
,go分别是什么意思
答:
KEGG
用于生物信息研究等,包括基因组,代谢组学等其他组学的数据
分析
,涵盖了Drug Development(药物开发)、 Cellular Processes(细胞过程)、 Environmental Information Processing(环境信息处理)、Genetic Information Processing(遗传信息处理)、 Human Diseases(人类疾病), Metabolism(代谢)、 Organismal Systems(有...
转录组
数据
分析
RNA-seq
答:
RNA-seq(RNA测序)是一种先进的
转录组
研究技术,它利用高通量测序平台来直接测量细胞中的RNA分子数量。这种技术能够提供关于基因表达的定量信息,包括未知基因的发现、已知基因的表达水平变化、以及可变剪接事件等。RNA-seq数据
分析
是一个复杂的过程,主要分为以下步骤:1.数据质量控制:检查原始测序数据的质...
绘制差异基因
kegg
注释图
答:
"差异基因
KEGG
注释图"是
转录组分析
结果的关键部分,它能帮助我们了解差异基因分别属于哪些代谢途径。在文章中插入此类图表,可以更清晰地展示样品间的差异。本文将介绍如何在Windows操作系统中为差异基因进行KEGG注释。一、输入数据准备 首先,需要准备各比较组(如CK1与Treat1)的差异基因列表。通常,标准分析...
绘制差异基因
kegg
注释图
答:
根据您提供的基因数量,
分析
可能需要一些时间。完成后,您将得到一个按基因数量排序的代谢通路列表。点击各个通路的链接,您可以查看哪些基因在各个样品中上调或下调。通过以上步骤,您可以在短时间内独立完成差异基因的
KEGG
注释,无需依赖外部服务。附加资源 - 基因家族分析实操课程与文献解读 -
转录组
(有...
转录组
不求人系列(十三): GO、
KEGG
富集个性化作图
答:
三、上下调同时展示(ggplot2)很多时候研究者拿到差异基因后,上下调基因是分别富集的,在展示上需要同时体现二者,我们之前提到metascape可以做到:
转录组
不求人系列(十二): Cell文章最喜欢用的差异基因GO、
KEGG
富集
分析
工具 ,除此之外,之前讲过的气泡图也可以展现多组的结果: 复现《nature ...
绘制差异基因
kegg
注释图
答:
“差异基因
kegg
注释图”是
转录组分析
结果的重要组成部分,能够帮助大家了解差异基因分属于哪些代谢通路,文章中如果能够插入下面这类图来说明样品间的差异,一定会为你的文章增色不少。下面给大家介绍一下如何在Windows下对差异基因进行kegg注释。一、输入数据准备:首先要准备的是各比较组(比如CK1比上Treat1...
如何进行
转录组
数据
分析
?
答:
然后你拼接序列啊,用Triity,拼好后可以进行blast比对,看有没有匹配。还可以用blast输出的文件做blast2go,得到GO号,做GO的注释,
KEGG
pathway
分析
。还有进行差异表达基因的分析分等等,我现在说的是没有参考基因的
转录组
数据处理。还有有参考基因的,那个不用从头组装,把你的序列和参考基因比对就行...
10X空间
转录组
和10X单细胞数据联合
分析
方法汇总
答:
函数AddModuleScore ,大家可以看一下,运用这种方法进行单细胞和空间联合
分析
的文章是发表于cell的文章 Multimodal Analysis of Composition and Spatial Architecture in Human Squamous Cell Carcinoma ,这篇文章我详细解读过,文章在 人鳞状细胞癌成分和空间结构的多峰分析(空间
转录组
与单细胞文章 ,我们稍微总结一下文献...
在
转录组
测序
分析
中,对于没有参考基因组信息的序列怎样进行注释,差异...
答:
转录
本是一个基因序列通过一种剪切后所得的能RNA。以前说转录本都是说表达蛋白的。现在LncRNA的研究多了,也说是一个转录本了。还有没有参考基因组序列的,一般是不可能去GO功能注释的。因为去功能注释的时候要
有一个
背景。
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转录组测序多少个g
转录组和蛋白质组
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基因组和转录组
什么是转录组测序
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