宅基地上房屋倒塌的宅基地使用权不能确权。根据国土资源部《确定土地所有权和使用权的若干规定》第29条规定，因原房屋拆除、改建或自然坍塌等原因，已经变更了实际土地使用者的，经依法审核批准，可将国有土地使用权确定给实际土地使用者；空地及房屋坍塌或拆除后两年以上仍未恢复使用的土地，由当地县级以上人民政府收回国有土地使用权。国土资源部《确定土地所有权和使用权的若干规定》中第五十二条明确规定：空闲或房屋倒塌、拆除两年以上未恢复使用的宅基地，不能确定使用权，对于已经确权的宅基地，经过县级人民政府批准之后，将会注销土地登记，宅基地由农村集体组织收回。