你这个问题问的有点笼统，条件不足。
首先你说变压器空载运行，是由停运状态到合闸充电状态的空载运行；还是已经投入空载运行一段时间之后，综合保护装置报二段过流
跳闸呢！？这个你没说清楚吧！
现在根据两种情况回答你，第一种情况，不排除
电容电流的可能性，也就是由变压器的
励磁涌流造成的，这时你要检查变压器保护的
二次谐波闭锁是否投入，如果保护装置没有这项功能（一般的综合保护装置都应该有的。），你就得断电，检查变压器绝缘，如果确认绝缘没有问题，就解掉综合保护装置的二段过流保护，不过一般不这么做，我建议你可以适当延长保护动作时间，通常情况下，如果是励磁涌流造成的跳闸，只要延长保护动作时间后，就可以躲过去。
第二种情况，你第一个最简单的办法，在别的高压柜上找一个相同的综保装置换在这个跳闸的高压柜上，合闸送电，看看有没有这个问题，如果没有，你就比较麻烦了，你需要断电检查变压器了，油浸式的你看看油位还够不够，测量对地绝缘，三相绕组电阻是否平衡，低压进线侧主断路器是否有失压脱扣线圈，都要检查，如果没问题的话，再送电，还跳闸，让变压器厂来人处理。