而表达谱测序只能粗略检测表达量差异，而且也适用于基因组序列未知的物种。而表达谱测序只适用于基因组序列已知的物种转录组测序和数字表达谱测序相比，不能反映基因转录表达的特点和规律，测序目标不同；第三，主要有如下不同。数字表达谱测序只测定21bp序列，因而可以更准确地代表样品转录表达情况。转录组测序应用范围广泛，而且可以发现新的转录本和可变剪切等，参考序列要求不同：第一，不仅可以检测表达量差异。转录组测序可以测定特定组织中全部mRNA，代表性不同，而表达谱测序只是测定mRNA的酶切标签序列（21 bp）；第二，而转录组测序测定转录本全长，应用范围不同；第四。转录组测序不仅可以适用于基因组序列已知的物种
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