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转录组测序结果怎么看
已经有
转录组测序结果
,
怎么看
是否含有某个基因?
答:
是有参考基因组的还是de novo的
结果
,如果有参考基因组的,那么可以通过这个基因名称在注释结果中查找是否有这个基因,序列信息需要在参考基因组中查找,如果是没有参考基因组的,那么拼接结果是一个fasta格式的文件,可以用blast软件进行比对。
怎么
查公共数据里的
转录组测序
数据
答:
1、首先确认原始数据的登录号,然后用登录号在NCBI进行全文搜索。2、点击进入之后,点击“PRJDB11982”或“DRP007499”,可查看
转录组
数据库的文献。数据就是数值,也就是通过观察、实验或计算得出的
结果
。数据有很多种,最简单的就是数字。数据也可以是文字、图像、声音等。数据可以用于科学研究、设计、...
空间
转录组
第四讲:最详细的10x空间转录组summary网页报告解读
答:
一般我们拿到10x空间
转录组
数据分析的
结果
最先看的肯定是web_summary网页报告,因为从这个结果里面我们大概就能判断你的数据好不好,不好的问题在哪里,数据到底能不能用等等。这里来详细介绍一下
怎么看
10x 空间转录组web_summary网页版报告。10x ***空间转录组网页版报告模板如下:下面来详细介绍一下每块...
转录组
入门(3):了解fastq
测序
数据
答:
--gzip 输出gz压缩格式 --split-3 对PE reads使用 首先看下fastq数据前几行了解数据大概内容。因为是PE
测序
,所以两个文件都分别看下 zcat SRR3589959_1.fastq.gz |head -n 8 和 zcat SRR3589959_2.fastq.gz |head -n 8 。可以看出fastq数据每条read的记录由4行组成:其中 HWUSI-EAS10...
如何查看转录组测序
中哪些基因上调多少倍
答:
拿到相比较的两组或多组RNAseq数据,以及相对应物种的gene list,收集不同条件gene list的fpkm或tpm值,然后进行比较就好了
转录组
RNA-Seq上游分析2020
答:
构建hisat2索引时,可能需要自行处理基因组差异问题。 使用samtools进行sam格式转换、排序和转BAM,以及索引文件管理。 featureCounts用于
转录组
计数,需注意输入的GTF文件提供基因组特征信息,以及多重overlap的处理策略。 在
结果
处理阶段,需理解主要参数的使用,例如-g参数用于指定meta-feature,-...
WGCNA分析--提升
转录组测序
文章档次的利器
答:
2.
转录组
数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据
结果
文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提升你的文章档次,学习链接:WGCNA-加权基因共表达网络分析 4. 转录组数据
怎么
挖掘?学习链接:转录组标准分析后的数据挖掘、转录...
转录组
数据分析RNA-seq
答:
1.数据质量控制:检查原始
测序
数据的质量,去除低质量的读段(reads)。2.序列比对:将质量控制后的读段与参考基因组或
转录
本数据库比对,以确定它们的位置。3.定量分析:统计每个基因的读段数,通常表达为FPKM(每千个碱基的片段数每百万映射读数)或TPM(每百万转录本的片段数)等标准化指标,以消除...
转录组测序
中的“比对率”是什么意思?
答:
转录组测序
中的“比对率”【bǐ duì lǜ】,即测序所产生的reads在参考基因组比对所占的比例。比对率越高说明你的数据的利用率越高。一般情况下看参考基因组的情况和测序的质量,一般在70%以上都是可以接受的。比对【bǐ duì】,意思有,比并,相当。比较对照,核对。实验室间比对是按照预先规定...
转录组测序
5-基因差异表达分析
答:
转录组测序
是最常用的组学实验,对全谱基因定量,找到差异表达基因。RNAseq涉及到原始数据,数据质控,基因组比对,差异基因鉴定,差异基因功能富集分析,重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等,我们用10讲的时间,全面讲解转录组测序报告,及在上百个项目中遇到的近百个常见问题。 上一期视频 基因表达定量 中,我们讨论了在cl...
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