一个问题一个问题地慢慢答：
1、基本上很多研究所都要用到小鼠,虽然现在很多所已经开始启用其他的模式生物比如说是斑马鱼。
2、我是在生化细胞所，就北微、化细、生物物理所这三所而言，每年出高分的paper的数目据我所知，北微和化细比生物物理要多一点，不过这主要是和研究方向有关，并不能仅仅因为文章数来确定哪个更好，因为这是三个方向，所以主要去哪里还是看你的兴趣。
3、山东大学的微生物研究和北微所都是是全国第一流的，但是山东大学微生物研究所的少壮派牛人更多，就近几年的发展趋势看，我比较推荐山东大学的微生物研究所。
4、营养所研究的主要与代谢有关，主攻方向为糖尿病研究、肥胖研究等，其实做的事情就是生化、基因组等的综合，至于就业方向与其他的没有什么太大的区别。
5、其他的信息：
在遗传学方向，最好的应当是复旦大学的遗传学院和中国科学院的遗传与发育生物学研究所。复旦大学遗传学院由中国遗传学之父谈家桢院士挂帅，实力非同一般，而且报考难度十分大。中科院遗传所，有著名小麦育种专家李振生院士和中科院副院长李家洋院士，也是很棒的地方。
微生物学方向，山东大学微生物重点实验室，中科院的微生物所，中科院的病毒所。这几个单位都是走在国内的前头。此外中国农业大学和军事医学科学院的这个专业也很不错。
生物化学和分子生物学方向，北京大学生命科学学院，北京生命科学研究所（NIBS），还有中科院的上海生化细胞所。特别是NIBS，这里有美国科学院院士王晓东出任所长，科研实力非常强大。你要是想去这个地方，就要报考北京大学的研究生。
细胞生物学方向，上海生化细胞所，北京大学生科院，北京师范大学。上海生化细胞所有多名院士领衔，能力自是很强。北大就更不用说了，中国细胞生物学的泰斗级人物翟中和就在北大。北师大也不错，这几年这个专业的招生分数线都划的非常高。
结构生物学方向，中科院生物物理所，NIBS。生物物理所就是一结构见长的。NIBS也回来了一大批结构方面的专家。
神经生物学方向，毋庸置疑的要数中科院上海神经所了。这几年的文献生产效率就说明了这个研究所的实力。
以上这些院校都是很强的，报考也是很有难度的。你要是有能力的话建议拼一把。要是想求稳，中国农业大学，生物物理所，山东大学，协和，军科院，北师大，首师大都还是比较容易的。只要复习充分了，就应该没什么问题了。
参考资料：http://zhidao.baidu.com/question/30901953.html?si=2