上海生科院的生化细胞所（细胞和分子生物学国内顶尖水平，新建的国家蛋白质科学中心挂靠在该所之后，结构生物学目前看也达到了国内一流水准，部分研究国际领先水平，细胞和分子生物学国际知名研究所）、
北京的遗传发育所和上海生科院的植生所（植物科学国内顶尖水平，部分研究国际领先水平，植物科学国际一流研究所）、
北京微生物所（微生物国内领先，部分研究国内顶尖水平）、
武汉病毒所（国内唯一的P4生物安全中心，有些东西只有这里能做，国内病毒学顶尖研究所）、
北京 生物物理所（结构生物学国内顶尖，部分研究国际知名）、
上海生科院神经所（神经科学国内顶尖水平，神经科学国际知名研究所）、
上海生科院营养健康所（计算生物学国内一流）、
北京基因组研究所（计算生物学国内领先）、
上海巴斯德所（原来属于生科院，现在不知道，免疫学（包括传染病等研究）国内一流，部分研究国内领先）、
上海药物所（原来也属于上海生科院，药物研发国内顶尖，但是主要是药理学、化学的东西更多，这样看不比四大化学所）、
昆明动物所和北京动物所（动物研究国内知名，个别的成果比较突出）、
上海 中科院生物与化学交叉中心（上海有机所近些年新成立的交叉中心，有机所国内顶尖，这个中心不好说，就生物学来看，目前只能算国内中上等水平，以后发展应该不差）、
北京 生态环境中心（国内生态环境类顶尖研究所）、
几大植物园（特色研究所、研究水平国内中等偏上， 研究国内知名）、
广州生物医药与健康研究院（国内知名研究院，个别方面做的还不错）
其他没提到的生物类研究所，国内中等或中等稍偏上水平，有些研究所比较有特色，比如武汉水生所、青岛海洋研究所等，有些研究所产业连接做的不错，比如天津工业生物技术研究所所产业连接做的还不错。
以上排名基本是 顶尖（清北优势或顶尖学科水平、华五顶尖学科水平）>领先（C9优势学科水平、中流 或特色985顶尖学科水平）>一流（普通985优势学科水平、部分211顶尖学科水平）>知名（国内211优势学科水平、个别一本顶尖学科水平、中流985普通学科水平）>=中上等（国内头部一本优势学科水平、部分211、985普通学科水平），当然这么概括还是比较笼统，难免有失偏颇，还望谅解。