对“一把手”的监督存在方方面面的困难和问题，但主要表现在以下五个方面。
1、“一把手”主动意识不强，不容监督。增强党政“一把手”的自律意识、监督意识是实施有效监督的前提。但是现实生活中，往往一些党政主要领导不能正确对待监督、接受监督，错误地认为，上级监督是组织对自己的不信任和不放心，同级监督是组织跟故意自己过不去、找茬子，下级和人民群众的监督是组织有意让自己丢面子、失威信。有的党政主要领导“官本位”思想浓厚，特权意识较重，把党和人民赋予的权力“私有化”，大权独揽，惟我独尊，从心底排斥监督，从思想上拒绝监督，从行动阻挠监督，给监督工作造成了一定影响和难度。
2、上级组织重用轻管，疏于监督。在现行体制下，“以权力监督制约权力”是最有力也是最有效的监督。然而在实际工作中，上级组织对领导干部的检查考核往往是注重工作业绩而疏于思想作风，注重工作亮点而疏于全局管理，注重感情和利益而疏于工作漏洞和失误。对领导干部的考核评价多取决于各项经济指标的完成情况，而对“一把手”思想政治素质的评定没有科学的考核评价标准。有的甚至错误地认为思想作风方面的问题是小事，无关紧要，不影响整体工作，只要完成硬指标硬任务就是党的好干部。同时上级组织与监督对象相对距离较远，也存在监督成本过高、难度较大、相对滞后等问题，形成看得见的管不了，能管了的看不见的现象，难以进行及时有效的监督。
3、班子成员心存顾虑，不愿监督。班子成员在一起共事，彼此熟悉了解，其监督方式比其他形式的监督更直接、更及时、更有效。但从实际情况看，由于班子其他成员在上级组织的印象和个人政治的进步主要取决于党政一把手的意见，因此，班子成员顾虑重重，不愿监督，使对一把手的监督不能及时有效。一是有些班子成员担心提意见多了会让“一把手”误解为不满找茬而被冷落报复；二是有的担心被上级组织当成不利班子团结、阻碍工作的“钉子领导”；三是有的认为现在什么事情都是一把手负责制，自己在上级组织的印象和个人政治的进步主要取决于党政一把手的意见，跟一把手搞好关系对自己进步有利，因此，即使有意见也不愿说；四是有的认为一把手专政，提意见不但没用还得罪人，不如不说。于是，该提醒的不提醒，该制止的不制止，该提意见的不提意见，该批评的不批评，班子成员之间的监督有名无实，看似“一团和气”，实则“不利工作”，更助长了一些“一把手”的主观主义和“家长制”作风。
4、群众有一定局限性，难以监督。一是普通老百姓对“一把手”的工作和生活情况了解不深，掌握不全；二是“一把手”的腐败行为隐蔽性较强，群众很难知情；三是一些干部群众从小团体利益出发，实用主义思想严重，对“一把手”投挑报李，用权办事；四是有的干部群众对“一把手”的问题虽然知情，但害怕“一把手”位高权重、给自己“穿小鞋”而不敢监督。
5、对“一把手”赋权过重，不便监督。我国现行行政管理体制下，党政“一把手”牢牢掌握着人权、财权、物权，权力高度集中，为一些个人修养低、思想品德差、自律能力弱的领导提供了腐败的土壤和条件。如，在现行的干部人事制度下，党政主要领导和组织部门掌握着基层各级领导的任免权，尤其是“一把手”在用人问题上有很大的发言权。虽然各级党委制定了议事规则、决策程序等工作制度，但在领导活动中，自觉性高的、党性较强的按规矩办事，不自觉的、无原则的也无人强制，权力运行不规范而又缺乏监督检查及严格的责任追究，导致权力的滥用和变质。
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