中药复方配伍中，有些药物应避免合用。《神农本草经》称这些药物之间的关系为“相恶”和“相反”。以后历代关于配伍禁忌均有认识和发展，在古籍中说法并不一致。金元时期概括为“十九畏”和“十八反”，目前仍被普遍认同和应用。
十九畏：硫黄畏朴硝，水银畏砒霜，狼毒畏密陀僧，巴豆畏牵牛，丁香畏郁金，川乌、草乌畏犀角，牙硝畏三棱，官桂畏石脂，人参畏五灵脂。
十八反：甘草反甘遂、大戟、海藻、芫花；乌头反贝母、瓜蒌、半夏、白蔹、白及；藜芦反人参、沙参、丹参、玄参、细辛、芍药。
十八反、十九畏当中所列出的很多药物也都是治疗胃肠病的常用药物，如甘草、贝母、半夏、白及、人参、沙参、丹参、玄参、芍药、丁香、郁金、三棱、官桂、石脂、人参、五灵脂等。因此在应用上一定要注意，不可违反使用，以免出现不良后果。
妊娠用药禁忌
某些药物具有损害胎元以致堕胎的不良反应，所以应该作为妊娠禁忌的药物。根据药物对于胎元损害程度的不同，一般可分为禁用与慎用两类。禁用的大多是毒性较强，或药性猛烈的药物，如巴豆、牵牛、大戟、斑蝥、商陆、麝香、三棱、莪术、水蛭、虻虫等；慎用的包括通经去瘀、行气破滞，以及辛热等药物，如桃仁、红花、大黄、枳实、附子、干姜、肉桂等。以上所列举的药物中，也有很多是胃肠病常用的，如三棱、莪术、桃仁、红花、大黄、枳实、附子、干姜、肉桂等。对怀孕期间的胃肠病患者，凡禁用的药物，绝对不能使用；慎用的药物，则可根据孕妇患病的情况，酌情使用。但没有特殊必要时，应尽量避免，以防发生事故。
服药时的饮食禁忌
饮食禁忌简称食忌，也就是通常所说的忌口。在古代文献上有常山忌葱；地黄、何首乌忌葱、蒜、萝卜；薄荷忌鳖肉；茯苓忌醋；鳖甲忌苋菜；以及蜜反生葱等记载。这说明服用某些药时不可同吃某些食物。另外，由于胃肠疾病的关系，在服药期间，凡属生冷、黏腻、腥臭等不易消化及有特殊刺激性的食物，都应根据需要予以避免。
正确服用肠病的中药煎剂
中药煎剂作为口服药与西药和一般的中成药比较而言，有着很大的特殊性，它牵涉到诸如服药时间、服药次数、每次服药量、服药温度等一系列问题。对于胃肠病患者来讲，这些问题就显得更为重要。服用中药的正确与否，关系到药物能否充分发挥药效，能否取得理想的治疗效果。所以胃肠病患者在服用中药煎剂时，须注意以下几个问题：
服药时间
古人对药物服用的时间非常讲究。《汤液本草》说：“药气与食气不欲相逢，食气消则服药，药气消则进食，所谓食前食后盖有义在其中也。”强调食物与药物不能同时服用，而且还应该区别饭前饭后。因为中药成分复杂，影响其吸收利用的因素也较多，两者共进，很可能因为相互干扰而影响药效，故不宜与进食同时进行。一般药物，无论饭前或饭后服用，服药与进食都应间隔1小时左右，以免影响药物、食物的消化吸收与药效的发挥；中药和西药也应该间隔1小时左右，以免两者发生反应，影响药效甚至产生毒性；而有些中药又因对胃肠刺激性大，所以必须在饭后服用，以减轻药物对胃肠道的刺激。由此可见，服药时间对药效的产生具有很大的影响。具体要求如下：
一般的中药煎剂宜在饭后半小时以后服用，以避免药物对胃肠道的刺激作用；
攻下药宜饭前服用；
消食药亦宜饭后即服，以利充分发挥药效；
泻下药宜在饭后2小时服用；
缓下剂宜在睡前服用，以便翌日清晨排便；
急性胃肠道疾病则不拘时服。
服药温度
为了顺应药性，提高治疗效果，防止呕吐等不良反应，中药煎剂的服用温度也有要求。通常人们会认为中药煎剂趁热服用疗效才会较好，但是这种观点并不适用于所有的中药煎剂。
一般情况下，遵照以下几条原则：
一般煎剂都采用温服，以避免对胃肠道的产生刺激；
寒证须用热服，热证须用冷服；
热性药温服，凉性药冷服；
真热假寒的病证用寒性药但须温服，而真寒假热的病证用热性药而须冷服；
芳香化湿类的药物久置易挥发，宜温服，以保药效；
温补药宜配热水服用，以促进温运；
解毒、清热、止呕吐的药宜凉服；
祛风散寒、温胃和中的药宜热服。
服药次数
一般一剂中药可被分煎作2～3次服用，但在有些特殊情况下，服药次数也须作相应的调整。如病情急重者，可1日2剂，煎成药汁合并一处，分成数份每隔4小时服药1次，以使药力持续，快速控制病情发展；而病情缓和者，则可每日早晚各服药1次。需要说明的是，中药煎制中，目前多数人是分煎分服的，实际上，这种做法是有缺点的：据测算，头煎药汁中药物有效成分煎出率为30%，二煎为40%～50%，三煎以上仍有20%，头煎、二煎和三煎的药汁中药物有效成分含量差别较大，不利于保持相对恒定的药物浓度，容易造成疗效的波动。因此，应当提倡一剂药数煎所得的药汁合并、搅匀后分次服用。
正确掌握胃肠病的用药时间
临床上发现，药物的用药时间和药效的发挥有着紧密地联系。正因为如此，在现代医学、生物学基础上诞生的新兴学科——时辰药理学便应运而生。时辰药理学的目的就是在患者使用药物时，既可使药物产生最大效力，减少用药量，又可避免和减少药物可能带来的不良反应。
人体几乎所有的生理功能，都具有以24小时为周期的节律性变化，这种变化被称为“生物钟”。在生物钟的控制协调下，人们的基础代谢、血糖水平和激素分泌等功能都具有节律性和波动性。就药物而言，其药效与生物钟也有着微妙的关系。随着机体各组织器官、激素水平等变化，胃肠道环境也相应的发生变化，而胃肠道的环境对药物的吸收及疗效的发挥均可能产生重大影响。另外，药物的性质、治疗目的及对机体可能产生的不良反应等因素，都决定了不同药物在服用时，都有不同的时间要求。