曹操杀华佗要从曹操头痛说起。当时曹操患上了头风病，经常头痛难忍，而此时华佗已经是名声渐起，于是曹操请华佗来给自己看病。《三国志》记载，华佗到了曹操那儿，给曹操扎了几针，曹操很快感觉头痛好多了，感叹华佗医术之余更想赶紧让华佗根治自己的头痛。而华佗却说，只有开颅手术才可以根治，多疑的曹操不相信，认为华佗是要加害自己，于是杀了华佗。
而以上只是《三国演义》里的简单叙述。《三国志》作者陈寿曾说华佗“以医见业，意常自悔”，也就是说，华佗对自己的职业并不满意，甚至有些后悔。而《后汉书·方术列传》对华佗的评价已经是毫不客气，说他“为人性恶，难得意”。尽管医学上的成就不低，但在那个时代，华佗却还等待机遇走上仕途。而曹操头风病，便是华佗的一个机会。
华佗却说这病难以治愈，只有开颅才可以根治。而其实现在看来，以当时的条件，开颅手术基本上是不可能完成的，这很可能只是华佗吓唬曹操而说的，目的就是让曹操重用自己。而曹操也曾说：“佗能愈此。小人养吾病，欲以自重”，这说明曹操是明白华佗能治好自己，但是想要抬高他的身价。可是曹操并没有满足华佗的要求。没有达到目的的华佗不久后便以收到家书为由，返回家乡，而到家后又来信称妻子病了，无法返回到曹操身边。
这可让曹操着急了，多次写信催促，都无效果。其实此时华佗也许还有威胁曹操的意思，那就是你不给我官职，我就不去给你看病。后来曹操生气了，派人去华佗家，还说如果他妻子真的病了，那就赐他小豆且放宽期限，若华佗骗自己，那就捉回来。而结果是，华佗的妻子并无病，曹操大怒，以欺骗和不听从征召为由，杀了华佗。而还有一个原因是，当时曹军大破袁绍，此时杀了华佗，或许也有杀一儆百的作用！
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