真菌有真正细胞核、没有叶绿素，它们一般都能进行有性和无性繁殖，能产生孢子，它们的营养体通常是丝状的且有分枝的结构，具有几丁质(chitin)或纤维素的细胞壁(有人已将具纤维素细胞壁的类群独立成卵菌门)，并且常常是进行吸收营养的生物。真菌不含光合作用的色素，不能进行光合作用制造养料，所以菌类的营养方式是异养(heterotrophy)的。异养方式多样，凡从活的动物、植物吸收养分的称为寄生(Parasitism)；从死的动、植物体或其他无生命的有机物中吸取养分的称为腐生(saprophytism)；从活的有机体吸取养分，同时又提供该活体有利的生活条件，从而彼此间互相受益、互相依赖的称为共生(symbiosis)。
真菌除少数种类是单细胞外，绝大多数是由纤细、管状的菌丝(hypha)构成的。菌丝分枝或不分枝。组成一个菌体的全部菌丝称为菌丝体(mycelium)。菌丝一般直径在10um以下，最细的不到0．5um，最粗的可超过100um。大多数菌丝都有隔膜(septum)，把菌丝分隔成许多细胞，称为有隔菌丝(septatehypha)，有的低等真菌的菌丝不具隔膜，称为无隔菌丝(nonseptatehypha)。菌丝细胞内含有原生质、细胞核、液泡、核糖体、线粒体、内质网，贮藏的营养物质是肝糖、油脂和菌蛋白，而不含淀粉。
菌丝又是吸收养分的结构。腐生真菌可由菌丝直接从基质中吸收养分，或产生假根吸取养分。寄生菌在寄主细胞内寄生，直接和寄主的原生质接触吸取养分。
真菌的菌丝在正常生活条件下，一般是很疏松的，但在环境条件不良或繁殖的时候，菌丝相互紧密交织在一起形成各种不同的菌丝组织体。常见者如引起木材腐烂的担子菌的菌丝纠结成绳索状，外形似根，叫做根状菌素(rhizomorph)。有些真菌的菌丝密集成颜色深、质地坚硬的核状体，叫做菌核(sclerotium)，小的形如鼠粪，大的比人头还大，如茯苓。有些种的菌核有组织分化，外层为拟薄壁组织(pseudoparenchyma)，内部为疏丝组织(prosenchyma)。有的菌核无分化现象。菌核是渡过不良环境的休眠体。很多高等真菌在生殖时期形成有一定形状和结构、能产生孢子的菌丝体，叫做子实体(sporophore)，如蘑菇的子实体伞状，马勃的子实体近球
形。容纳子实体的菌丝褥座状结构，叫做子座(stroma)。子座是真菌从营养阶段到繁殖阶段的一种过渡形式，也有拟薄壁组织和疏丝组织分化，如冬虫夏草菌从蝙蝠蛾科昆虫的幼虫尸体上长出的棒状物，麦角菌核上萌发生成的红头紫柄就是子座。子座形成以后，其上产生许多子囊壳即子实体，子囊壳中产生子囊和子囊孢子。
