根据国际真菌研究所编著的《真菌词典》第7版(1983)记载，真菌有5950属，64200种，
中国已知约有8000种。传统的分类方法，分为四纲，即藻菌纲，子囊菌纲、担子菌纲和半知菌纲。新的分类分成5个亚门，即鞭毛菌亚门、接合菌亚门、子囊菌亚门、担子菌亚门和半知菌亚门。 1．有能动细胞(游动孢子)；有性阶段的孢子典型地为卵孢子——鞭毛菌亚门Mastigomycotina
1．无能动细胞
2．具有性阶段
3．有性阶段孢子为接合孢子——接合菌亚门Zygomycotina
3．无接合孢子
4．有性阶段孢子为子囊孢子——子囊菌亚门Ascomycotina
4．有性阶段孢子为担孢子——担子菌亚门Basidiomycotina
2．缺有性阶段——半知菌亚门Deuteromyc0tina 子囊菌亚门是真菌中种类最多的一个亚门，全世界有2720属，28650种，除少数低等子囊菌为单细胞外，绝大多数有发达的菌丝，菌丝具有横隔，并且紧密结合成一定的形状。 子囊菌的无性生殖特别发达，有裂殖、芽殖、或形成各种孢子，如分生孢子、节孢子、厚垣孢子(厚壁孢子)等。有性生殖产生子囊(ascus)，内生子囊孢子(ascospore)，这是子囊菌亚门的最主要特征，除少数原始种类，子囊裸露不形成子实体外，如酵母菌。绝大多数子囊菌都产生子实体，子囊包于子实体内。子囊菌的子实体又称子囊果(ascocarp)。子囊果的形态是子囊菌分类的重要依据，常见以下三种类型：
子囊盘(apothecium)子囊果盘状、杯状或碗状，子囊盘中的许多子囊和隔丝(不育菌丝)垂直排列在一起，形成子实层(hymenium)。子实层完全暴露在外面，如盘菌类。
闭囊壳(cleistothecium)子囊果完全闭合成球形，无开口，待其破裂后子囊孢子才能散出。
子囊壳(peritheciMm)子囊果呈瓶状或囊状，先端开口，这一类子囊果多埋生于子座内，如麦角、冬虫夏草菌。 担子菌亚门是一群多种多样的真菌，全世界有1100属，16000余种。都是由多细胞的菌丝体组成的有机体，菌丝均具横隔膜。在整个发育过程中，产生两种形式不同的菌丝：一种是由担孢子萌发形成具有单核的菌丝，这叫做初生菌丝。以后通过单核菌丝的接合，核并不及时结合而保持双核的状态，这种菌丝叫次生菌丝。次生菌丝双核时期相当长，这是担子菌的特点之一。担子菌最大特点是形成担子(basidium)、担孢子(basidiospore)。在形成担子和担孢子的过程中，菌丝顶端细胞壁上生出一个喙状突起，突起向下弯曲，形成一种特殊的结构，叫锁状连合（下图），在锁状连合的过程中，细胞内二核经过一系列的变化由分裂到融合，形成一个二倍体(2n)的核，此核经二次分裂，其中一次为减数分裂，于是产生4个单倍体(n)子核。这时顶端细胞膨大成为担子，担子上生出4个小梗，于是4个小核分别各移入小梗内，共发育成4个孢子——担孢子。产生担孢子的复杂结构的菌丝体叫做担子果(basidiocarp)，就是担子菌的子实体。其形态、大小，颜色各不相同，如伞状、扇状、球状、头状、笔状等。 在传统的分类系统中，把担子菌亚门当作担子菌纲处理，其下分2个亚纲，即有隔担子菌亚纲、和无隔担子菌亚纲。现代分类学已将担子菌亚门分为4个纲，即层菌纲(Hymeno—mycetes)，如银耳、木耳、蘑菇、灵芝等；腹菌纲(Gasteromycetes)，如马勃、鬼笔等；锈菌纲(Urediniomycetes)和黑粉菌纲(Ustilaginomycetes)，如玉米黑粉(棒子包)。
层菌纲中最常见的一类是伞菌类，这一类担子菌具有伞状或帽状的子实体，上面展开的部分叫菌盖(pileus)。菌盖下面自中央到边缘有许多呈辐射状排列的片状物，称为菌褶(gills)。用显微镜观察菌褶时，可见棒状细胞，叫担子，顶端有四个小梗，每一个小梗上生一个担孢子。夹在担子之间有一些不产生担孢子的菌丝叫侧丝，担子和侧丝构成子实层(hymenium)。菌褶的中部是菌丝交织的菌髓，有些伞菌，在菌褶之间还有少数横列的大型细胞叫隔胞(囊状体)，隔胞将菌褶撑开，有利于担孢子的散布。菌盖的下面是细长的柄，称菌柄(stipe)。有些伞菌的子实体幼小时，连在菌盖边缘和菌柄间有一层膜，叫内菌幕(partialveil)，在菌盖张开时，内菌幕破裂，遗留在菌柄上的部分构成菌环(annulus)。有些子实体幼小时外面有一层膜包被，叫外菌幕(universalveil)，当菌柄伸长时，包被破裂，残留在菌柄的基部的一部分而成菌托(volva)。这些结构的特征是鉴别伞菌的重要依据。很多种伞菌可供食用，少数极毒。 形态虽然简单，但生理却比较复杂，种类也比较多，应用也是多方面的。在工业上用于酿酒， 银耳
酵母菌将葡萄糖、果糖、甘露糖等单糖吸入细胞内，在无氧的条件下，经过内酶的作用，把单糖分解为二氧化碳和酒精。此作用即发酵。在医药上，因酵母菌富含维生素B、蛋白质和多种酶，菌体可制成酵母片。治疗消化不良，并可从酵母菌中提取生产核酸类衍生物、辅酶A、细胞色素C、谷胱甘肽和多种氨基酸的原料。 属于丛梗孢科。菌丝有隔，为多细胞。无性生殖发达，由菌丝体上产生大量分生孢子梗，其顶端膨大成球状，叫做孢囊(visicle)，在孢囊的整个表面生出很多放射状排列的小梗(sterigma)小梗单层或双层，小梗顶端长出一串串球形的分生孢子。分生孢子呈绿、黑、褐、黄、橙各种颜色。曲霉菌的种类很多，广泛分布于空气、土壤、粮食、中药材上，是酿造工业的重要菌种，并可生产柠檬酸、葡萄糖酸及其他有机酸。黑曲霉A.nigervanTieghen)和杂色曲霉A.veriscolor(Vuill．)Tiraboschi能引起粮食和中药材霉变，后者还产生杂色曲霉素(sterigatocystin)，可致肝脏损害。特别是黄曲霉A.flavusLink，常在花生和花生粕上发现，能产生毒性很强的黄曲霉素(afla—toxin)，能引起肝癌。
