1、认真做好答辩、举证等准备工作。行政机关负责人出庭应诉，既是履行法律规定的义务，也是为了维护公共利益和行政管理秩序。因此，必须认真对待、认真准备。凡事预则立，不预则废。行政机关负责人出庭应诉目的在于化解行政纠纷，对于化解行政纠纷应当准备若干化解方案，以备在庭审过程中根据相对人的请求，作出相应的应对。认真准备出庭应诉，是保证庭审成功的基本条件。
2、自觉遵守和维护法庭纪律。行政机关负责人出庭应诉时的身份是当事人，是被告，是被诉行政机关，与原告在诉讼程序中法律地位完全平等。因此，行政机关负责人出庭应诉时，应当自觉遵守法庭纪律，规范应诉行为，维护法庭秩序。行政机关负责人代表被告，应当服从法庭指挥，未经法庭准许，不得随意发问。行政机关负责人回答问题应当有理有利有节，不能在法庭上以“管理者”自居，引发相对人对行政机关负责人出庭应诉意图的质疑。
3、敢于辩论、敢于化解矛盾。行政机关负责人出庭应诉是代表国家行政管理机关，是代表公共利益，必须敢于“发声”，善于“发声”，对于行政机关依法行使职权要理直气壮地予以维护；行政机关负责人出庭应诉是作为被诉行政机关的代表，必须敢于化解矛盾，善于化解矛盾，对于行政裁量权范围内的事项，既要注意维护国家利益和行政管理秩序，也要注意化解矛盾。对属于自由裁量权范围内的事项，要敢于表态，敢于拍板；对法律明确规定不属于自由裁量权范围内的事项，要谨慎表态，慎重处理。
4、自觉配合人民法院的审理、调解和裁判。人民法院审理行政案件，行政机关负责人出庭应诉，根本目的在于化解行政纠纷。因此，行政机关负责人应做遵守法律的表率，自觉配合人民法院的审理和调解工作。对人民法院认定的事实和适用的法律法规，应当自觉予以尊重；对人民法院提出的调解方案，应当依法、认真予以回应。要自觉履行人民法院发生法律效力的法律文书，对人民法院判决、裁定和调解书确定的履行义务，应当依法及时履行，并引以为戒；行政机关必须认真对待，按时回复处理意见；对于人民法院就行政机关负责人出庭应诉情况作出的公告，行政机关应当正确看待，正确理解其推进依法行政的积极意义。
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