纯净水和蒸馏水的区别有：
1、含义不一样：纯净水指的是不含杂质的水，是纯洁、干净，不含有杂质或细菌的水是以符合生活饮用水卫生标准的水为原水。蒸馏水则是指经过蒸馏、冷凝操作的水。
2、用途不一样：蒸馏水在医药行业的作用是因为低渗作用。用蒸馏水冲洗手术伤口，使创面可能残留的肿瘤细胞吸水膨胀，破裂，坏死，失去活性，避免肿瘤在创面种植生长。学校里的化学实验，有些需要用蒸馏水，利用的就是蒸馏水无电解质，没有游离离子，或是没有杂质。
纯净水一般是用于饮用，或者是日常生活的需要，其适用范围相对来说要比蒸馏水更大众化一些。
3、缺点不一样：纯净水的不足之处在于，长期饮用时可能会导致体内铅的含量超标，因为钙和铅在人体中是竞争关系，一方增多，另一方就会减少，反之，一方减少，另一方就会增多，纯净水中没有钙，人体就会吸收大量的铅，从而导致人体内含铅量超标。
蒸馏水的缺点是造价高昂，因为蒸馏水的制作是把源水煮沸后令其蒸发冷凝回收，要大量耗费热能，造价不会太低。要想得到纯净水或超纯水，必须经过二次、三次的蒸馏还得增加其它纯净手段。
参考资料：
1、定义不同
蒸馏水是通过水煮沸蒸馏，冷凝而成的，该水基本不含杂质，含极少量的离子，可做一般实验室用水，也可饮用。但对某些要求很高的实验室用水就达不到标准，需要去离子水或亚沸蒸馏水。
纯净水是以符合生活饮用水卫生标准的水为原料，通过电渗析法、离子交换法、反渗透法、蒸馏法及其他适当的加工方法制得的，密封于容器中且不含任何添加物可直接饮用的水。
2、制备标准不同
蒸馏水指标标准：灼烧渣含量 （≤0.01 %）3；锰（Mn）含量 （≤0.00001%）；铁（Fe）含量 （≤0.0004 %）；氯（Cl） （≤0.0005 %）；还原高锰酸钾物质（O）含量 （≤0.0002 %）；透明度 （mm） 无色透明；电阻率（25℃） （≥10x104 Ωcm）。
纯净水的制备标准：水处理车间应为封闭间，灌装车间应封闭并设空气净化装置，空气清洁度应达到1000级，并使用自动化灌装。包装材料应符合国家有关卫生标准，禁止使用回收瓶子，瓶、盖灌装前必须使用自动化设备，严格清洗、消毒。
设备、管道、工具、器具和储水设施必须采用无毒、无异味、耐腐蚀、易清洗的材料制成，表面应光滑、无凹坑、无剥脱、无缝隙、无死角、无盲端，不易积垢，便于清洗，消毒；储存罐应易于放水，避免形成死水层引起微生物污染。
蒸馏水是经过蒸馏和冷凝的水。纯净水大多是将天然水经过过滤、提纯净化的水。
虽然经过净化，但是蒸馏水中一些低沸点的有机物不一定被去除，因为它们可能会在挥发后随水蒸气的冷凝也同时凝结回到水里。而要想得到更纯净的水，则必须经过二次、三次的蒸馏，并且对提纯的方式也需要更精细。
关于蒸馏水，正常人适当饮用，有助于人体的微循环。但不宜长期饮用，因为它除去了人体有益的微量元素和矿物质，如钙、镁几乎，长期饮用会影响体内电解质酸碱平衡。
蒸馏水经过长时间的加热沸腾，水中的一部分硝酸盐就会变成亚硝酸盐，亚硝酸盐会使血液中的血红蛋白变性，从而使血压下降，严重时会引起血脱；其次蒸馏水在蒸馏过程中会失去很多人体需要的矿物质。
一般和机器、电器相关的时候，由于蒸馏水不导电，它能保证机器运行稳定，延长电器使用寿命，在医药行业，蒸馏水的作用是因为低渗作用，可用于冲洗手术伤口，在很多的化学实验中，有些需要使用蒸馏水，利用的是蒸馏水无电解质，没有游离离子或没有杂质的特性，不会发生其他化学反应。
因此，长期饮用会影响体内电解质酸碱平衡，影响神经、肌肉和多种酶的活动，特别是老人和儿童，如不及时补充营养及钙质，容易缺乏营养和患缺钙症。
蒸馏水是指通过蒸馏手段制得的较纯净的水，一般可去除原水中大部分的无机盐和有机物。市售的纯净水一般采用过滤的方法，以除去较大的颗粒污染物，无法去除无机盐。