此病的潜伏期为5～12天，在潜伏期过后，患者通常感到眼睛发痒、眼睛里面有异物、眼睛干燥和烧灼。急性发作时可有摩擦感、畏光、流泪、有融性的甚至脓性的分泌物。但也有的患者反应轻微，甚至毫无察觉，浑似无事，当出现并发症时才有程度不一的疼痛感，或者怕光、流泪。如不再次感染，有的人可于数日或数年后自愈，并不留瘀痕。如果重复感染则使病情加重，可致视力损害甚至失明等不可逆性改变。
沙眼有并发症，这些并发症是：上眼睑下垂、倒睫（因为眼睑内翻而致眼睫毛向眼球方向生长，睫毛刺激眼结膜）、慢性泪囊炎、泪管狭窄而流泪、角膜溃疡、眼球干燥症、睑球后粘连等。