朱棣为何不敢进南京城？其实原因很简单，朱棣心里清楚得很，这南京城进去容易出来难。而且要纠正一点，朱棣并不是在南京城外，还是在淮安就没有继续南下。过了淮安就是淮河，过了淮河还想北上逃跑，那可就不太容易了。至于朱元璋为什么会让朱棣南下，还要从他的三哥晋王朱棡说起。
自从洪武二十五年四月皇太子朱标死后，如何平衡年轻的皇太孙朱允炆和文武大臣的关系，就成了朱元璋头疼的难事。最终他的选择是清除以宋国公冯胜、颖国公傅友德和凉国公蓝玉为首的武勋集团，将军权分散到自己儿子的手上。
当时在北方蒙古方向，由晋王朱棡和燕王朱棣为双核心，辅以代王朱桂、辽王朱植、宁王朱权、谷王朱橞作为帮手。西北一带交给嗣秦王、肃王和庆王。西南一带交给蜀王和岷王。湖广一带交给楚王和湘王。在晋王和燕王身后，还有周王和齐王作为支撑。
作为这个体系的重中之重，晋王和燕王手上掌握了巨大的权力。当时山西属卫将校悉听晋王节制，北平属卫将校则悉听燕王节制。二王也在朱元璋的指示下频频举行联合军事演习，对北元残余势力进行威慑甚至直接打击。可以说，这个体系是朱标死后，朱元璋所能留给朱允炆的最重要遗产。
但是洪武三十一年三月晋王突然去世，年仅41岁，此时距离朱元璋驾崩已经不足三个月。老朱在自己健康状况江河日下的之时，惊恐地发现一手打造的北境由晋王和燕王互相牵制的恐怖平衡没有了。谁能制约一家独大的燕王？皇太孙能对付得了他的这位四叔吗？
经过一番考虑，朱元璋先是让朱棡的儿子朱济熺袭封晋王。随即在四月九日告诉燕王今秋蒙古军队将南下侵扰大宁以及开平，让他早做准备。老朱接着越俎代庖，大手笔帮朱棣安排好了军事调动。
可西凉召都指挥庄德、张文杰，开平召刘真、宋晟二都督，辽东召武定侯郭英等会兵一处。辽王以都司及护卫马军悉数而出，北平、山西亦然。步军须十五万，布阵而待令。—《明太祖实录卷二百五十七》
庄德、刘真、宋晟以及北平、山西和辽东三都司的军队倾巢而出，朱元璋同时要求武定侯郭英居左，庄德居右，燕王本人则和代王、辽王、宁王和谷王居中。这样一个布阵，等于三大都司的军队将几位亲王牢牢地夹在中间。你说是保护也罢，监视也罢，看你怎么想。
五月八日，《太祖实录》记载"上不豫。"所谓的不豫，就是天子有病的讳称。仅仅四天之后，洪武朝后期最受朱元璋信赖的左军都督杨文被紧急派往北平，接管北平都司及行都司兵权。同时郭英也收到敕书，朱元璋催促他速速出兵。
五月二十九日朱棣接到一道敕书，里面对他进行了夸奖："朕之诸子，汝独才智克堪其任。秦、晋已薨，汝实为长。攘外安内，非汝而谁？"这当然是朱棣日后修纂《明太祖实录》时想要告诉我们的意思。但是，笔者怀疑就在这道诏书中，朱元璋将朱棣召回了南京。
洪武三十一年（公元1398年）闰五月十日，南京皇宫西内，大明王朝开国皇帝朱元璋已经气息奄奄。在弥留之际，老朱依然在问左右之人："第四子来未？" 在迟迟无人敢回答之后，这位农民出身，被称为历史上得国最正的草根皇帝终于驾崩，享年71岁。这里的第四子，当然是指燕王朱棣。
太祖不豫，遣中宫召上。已至淮安，太孙与齐泰等谋，诈令人赍敕符，令上归国。及太祖大渐，问左右燕王来未？凡三问，无敢对者。—《明太宗实录卷一》
根据《明实录》对马皇后去世时的记载，我们可以知道从南京发出敕书到燕王抵达南京，需耗时十六天。如果朱棣在五月二十九日出发，那么算上他从开平出发的额外时间，闰五月十日的时候，朱棣确实应该赶到南京了。
但是我想朱棣在这十天的路程中，一定会将老父亲此前一系列的布置，乃至这次突然召自己南下的意图仔细琢磨。燕王府护卫大军在开平，北面是郭英率领的辽东明军，身边是山西、北平各都司的官军，就像一张大网一样，将燕山三护卫牢牢困在其中。而燕王本人，现在又被紧急召回南京，以朱棣的精明，他会天真到以为父皇是召他去继位的吗？绝对不会。所以他等在淮安静观其变。
可惜年轻识浅的朱允炆并没有意识到这是祖父最后一次为自己保驾护航，他和自己的小集团成员听说朱棣抵达淮安之后慌作一团。甚至有一面为朱元璋送葬，一面匆匆登基的荒唐之举。另外根据朝鲜史料，当时朱允炆要求朱棣单骑入京，更是给了对方一个就坡下驴，溜之大吉的绝好借口。真是愚蠢至极，枉费其祖父的一片苦心。
军一人自辽东逃来，本国人也，属东宁卫。以辽东役烦逃还，言：燕王欲祭太祖高皇帝，率师如京，新皇帝许令单骑入城，燕王乃回。还兴师，以尽逐君侧之恶为名。—《李朝实录·恭靖王实录卷第一》
结语：晋王死后，为了防止燕王一家独大，朱元璋在临终前一个月做出了一连串的布置。如果他还能多活几天，朱棣再不情不愿，也一定会乖乖地进入南京城。这个时候皇太孙进退自如，手上有足够多的牌可以打。
再说一句题外话，就在朱元璋下决心召朱棣回京之前，他曾给新任晋王朱济熺下了一道圣旨。这里面通篇没有讲到任何实际的政务，老朱只是给这位长孙讲了一个五代十国时后唐皇帝李存勖的故事。李存勖曾封晋王，他的叔父李克宁谋反，被他亲手所杀。燕王也是朱济熺的叔父，朱元璋的意思，还需要说得更明白一些吗？
在明朝的时候朱棣是非常想成为皇帝的，但在朱标死后朱元璋竟然直接立了孙子朱允炆为太子，在朱元璋临终之际的时候最放心不下就是手握重兵的朱棣，最后宣朱棣进南京城，这时候朱棣明明就在城外，但为什么却一直不进去？
朱元璋建国之后，吸取前朝的教训，严格制定了皇位的继承法，只有嫡长子才有资格继承他的皇位，因此他的太子朱标，是国家的合法继承人，可他没有想到，朱标会死在自己的前面，无奈之下，他只能是让朱允炆来做太子。
其实他当时还有着不少能力出色的儿子，像燕王这些人都是非常有能力，可这些人的身份不合适，朱元璋不希望引发藩王的内乱，于是就没有选择让其他的儿子来继位。
后来他在南京病重，临死前的朱元璋也是特意给燕王下了道旨意，让他来进京奔丧，这个旨意就有些意思，因为朱元璋当时颁布的旨意，是不允许各地的藩王过来奔丧的，却唯独是让燕王过来。
其实他这么做主要是为了保险起见，燕王在他的这些儿子里面，不仅能力最为出色，手里的兵力也非常强大，他长期在北京留守，已经成为一个有势力的藩王，要说当时有哪个藩王可以威胁到朝廷，朱棣肯定是头号人选。
朱元璋到了晚年，自己的猜忌心变得更重，他为了保证皇位的交接顺利，先后杀掉了无数的功臣，这些功臣都与一些藩王有着联系，他这么做就是为了要保证自己孙子的政权不出问题。
可他对自己的几个儿子并不是非常放心，因此才会选择不让这些藩王来奔丧，否则，万一有藩王利用奔丧这件事，带着兵进入京城的话，那朝廷肯定是要变天。可他特意是让朱棣过来，明显就是准备要把朱棣给控制住，像朱棣这样的人，放在地方上肯定是没有办法控制住的。
把他放在京城里面，肯定能防止他做乱，当然，朱元璋也希望借着这件事来考察一下自己的儿子，万一他有异心，朱元璋是准备随时把他给杀掉。可朱棣也并不傻，他就没有进入南京来奔丧，结果朱元璋在死前也没有见到自己的儿子，他还连续问了身边人燕王来否，可朱棣一直都没有过来。
这件事朱元璋其实还是有些心软，以他这样的性格，但凡他对一个人不放心，是容不得你不来的，可朱元璋对自己的孩子们，还是下不了这个狠手，况且当时的藩王身边的军队已经被削除。
他们手里的权力没有那么大，朱棣倒是非常明白，自己要去奔丧的话，很有可能就回不来了。当时朝中的藩王都没有办法去奔丧，唯独他可以去，就算老爹没有想对自己怎么样，可朱允炆心里必然会多想，事实也是如此，朱允炆见到自己的爷爷死前一直在惦记着朱棣，心里也产生了猜忌，他明白朱棣的能力要比自己强，也比自己更加有资历，看到爷爷对朱棣这么重视，他就更加害怕朱棣了，这也导致他上位之后对朱棣进行了严厉制裁。
随着建文帝与燕王矛盾的加剧，靖难之役还是无可避免的爆发了，经过数年征战，朱允炆兵败自焚，燕王朱棣如愿以偿的坐上了皇位。不少人称，朱元璋临终前曾连喊三遍朱棣来否，而朱棣却在南京城外而不进城，主要是曲解了《明太宗实录》一书。
这部《明太宗实录》，其实记的就是明成祖朱棣的言行。不过，后来嘉靖给朱棣改了庙号，使得“明太宗”成了“明成祖”。古代帝王的《实录》，原本是应“据实而录”的，但现实中却往往有“为尊者讳”的做法。而夺权者朱棣的《实录》，便有许多杜撰的情节。
朱棣从朱允炆手中夺权，逼死了建文帝，原本就是乱臣贼子，但毕竟成王败寇，掌握了话语权的朱棣，开始丑化朱允炆、美化自己。其中朱元璋病重时诏朱棣进京的一事，便是如此。按《明太宗实录》所记载：
“三十一年闰五月，太祖不豫，遣中宫召上，上已至淮安，太孙与齐泰等谋诈，令人赍敕符，令上归国，及太祖太渐，问左右‘燕王来未？’凡三问，无敢对者。”——《明太宗实录》卷一
这段文字其实便是杜撰出来的。朱棣为了证明自己皇位的正统性，刻意丑化建文帝，甚至称明太祖晚年曾要诏自己进京，把皇位传给自己，而朱允炆和齐泰等人却阴谋夺取皇位，甚至家传圣旨，强令自己回到封国。
其实，此事早有史家谈及，如《明通鉴》便曾指出，一些称太祖欲立燕王的说法，皆是朱棣修改《太祖实录》的结果。同样，《明太宗实录》中关于朱元璋临终时问朱棣是否来京的记载，也是颇不足信的。
事实上，朱元璋已然预料到燕王等人会不利于朱允炆，故特意立下遗诏，让各王留在封地，不要前来奔丧：
诸王临国中，毋奔丧，王国吏听朝廷节制。
可以说，所谓朱元璋欲立燕王，临终又相见朱棣，却被朱允炆等阻止一说，纯属是无稽之谈。如读史书不假思考，将铅字皆信以为真，是很容易被古人牵着鼻子走的。