朱元璋时期皇权高度集中，后来朱元璋忙不过来了，只能把军权分封给自己的儿子，在各地立藩王，所以朱元璋无疑是给朱允炆埋下了定时炸弹。
朱元璋临终前喊了三遍朱棣来否？原意是放不下这个四儿子，因为朱棣非常像自己，希望他不要造反，好好辅佐自己的侄子。但是因为身体虚弱终究是没能等到朱棣的到来驾崩了。
朱元璋在立储这方面很注重长幼有序，只能立嫡子，很可惜他的嫡子朱标终究是没活过朱元璋。最后无奈只能立长孙。朱允炆很像他父亲比较仁爱，这点朱元璋希望下一任皇帝不要像他那样杀虐，坏人他做，希望后世的皇帝以仁治天下。可以说朱元璋用心良苦，但是朱允炆真的能镇得住他的这位四叔么？
朱棣在从南京赶来的路上，然而朱元璋的叫唤引起了朱允炆的猜疑，他临时假传圣旨让燕王朱棣不得踏足南京。朱允炆觉得朱元璋有可能是要变卦想要传皇位给朱棣，很可惜，朱允炆也为自己后面埋下了炸弹，他们爷孙俩也是真够做的，这个误会也让朱棣误解了，他觉得本来是要传位给他的，是朱允炆从中作梗，导致他不能见父亲最后一面还错过了皇帝宝座。怎么说呢，不愧是叔侄，臆想的功夫都是如此同步！
1399年8月，燕王朱棣誓师抗命，下谕将士，打着“清君侧”旗号起兵“靖难”。史称“靖难之役”。
建文四年六月燕王率军十万直逼皇城，南京城燃起了熊熊大火，然而燕王赶到时只有被烧焦的尸体，朱允炆是不是葬身火海至今仍是个谜。不出朱元璋所料的事情，朱棣继位后，杀戮更胜于他的父亲。朱棣将一批忠于建文的诸臣剥皮的剥皮、活人下油锅，他们的女眷沦为官奴，被军队里面的士兵轮着侮辱直至死亡。
所以朱元璋这三声叫唤改变了历史，他本意无人能理会，当初要是直接将朱棣灭了也不会有靖难之役，曾经朱元璋就对朱棣起过杀心，但是马皇后不忍父子相残，朱棣是马皇后抚养长大，马皇后失去了长子把朱棣视为己出，所以说妇人之仁有时候真的是影响颇广。
朱允炆在位时期，实行仁政，在法律上就取消了祖父的严刑苛律。当然朱棣继位后又恢复了。减少税负，将土地还给百姓。百姓生活改善，但是建文帝还是太天真了，他动了僧侣和当官的蛋糕，还被朱棣造反落下了口实。说他的侄子违反了《祖训录》；为他提供了对皇帝进行“惩戒行动”的理由。
由此可见，朱棣就算不造反，朱允炆的执政生涯也会遇到困难，毕竟是封建王朝，官僚阶级不可能以人民的利益至上，朱允炆不得不说是在自挖坟墓。