有三点区别：
1、国家民委直属高校偏向招收民族学生。
2、国家民委直属高校由国家民族事务委员会直属。国家教育部直属高校由教育部直接管理。
3、国家民委直属高校有6所。国家教育部直属高校基本上都是211重点大学，有112所。
“国家民委”继续管理其所属6所高校：中央民族大学、中南民族大学、西南民族大学、西北民族大学、北方民族大学、大连民族大学。
长期以来，在党中央、国务院的亲切关怀下，在各级组织和有关部门的大力支持下，民族院校为民族地区的民主改革、经济建设、改革开放、社会稳定，为维护我国的民族团结和国家统一作出了重要贡献，发挥了不可替代的特殊作用。
扩展资料：
1、关于民族院校的党建工作和思想政治工作，吴仕民强调，要认真贯彻落实第十八次全国高校党建会议精神，提高学校党建工作科学化水平，突出民族院校的特色，抓住民族院校党建工作的重点，克服薄弱环节，力争在党建工作中取得新的成效。他提出三点要求。
2、一是要着力提高学校领导班子的整体素质，提高领导学校科学发展的能力。要把学习实践科学发展观活动的成果转化为促进学校发展的力量；要建立学习型的班子，学习有中国特色的社会主义，学习民族政策，学习和研究高校发展的规律，不断提高治校的能力和驾驭大局的能力；
要坚持正确的方向，适应时代的要求，真正实现民族院校的功能和担负民族院校的责任；要特别提高应对重大事件、突发事件的能力；要加强作风建设和反腐倡廉制度建设，在反腐倡廉建设上丝毫不能懈怠，做到警钟长鸣，防微杜渐。
3、二是要坚持正确的方向，围绕培养什么样的人这个核心问题，全面加强学生的思想政治工作。对民族院校来讲首要的是要培养政治上合格的人。要重视对学生进行马克思主义民族观的教育，培养维护国家稳定、促进民族团结的合格人才；
在思想政治工作中要突出以爱国主义为主要内容的核心价值观，强化各族学生对国家的认同，对中华民族的认同；要建设一支可信赖的，能够担当责任，不辱使命的优秀的辅导员队伍，像全国民族团结进步模范邵春亮老师那样，全身心投入，倾情奉献。
4、三是要胸有全局，切实做好学校的稳定工作。发展是第一要务，稳定是第一责任。民族院校的特殊性，增加了稳定工作的难度和复杂性，要始终把维护学校的稳定、团结作为学校思想政治工作的重要方面，作为学校办学治校的重要方面。
参考资料来源：百度百科-国家民族事务委员会直属高等学校
大学、专门学院、高等职业技术学院、高等专科学校的统称，简称高校。从学历和培养层次上讲，包括专科、本科、硕士研究生、博士研究生。大学仅仅是高等学校其中的一部分。专门学院如医科大学、戏曲学院、音乐学院、美术学院，以及高职高专院校如职业技术学院、高等专科学校等，都是高等学校系列。高等学校泛指对公民进行高等教育的学校，与大学词义相近。大学，是指综合性的提供教学和研究条件和授权颁发学位的高等教育机构。现在的大学一般包括一个能授予硕士和博士学位的研究生院和数个专业学院，以及能授予学士学位的一个本科生院。高等学校也包括高等专科学校。截至2015年5月21日，中国大陆高等学校共计2845所，其中：普通高等学校2553所（含独立设置民办普通高校447所，独立学院275所，中外合作办学7所），成人高等学校292所。中国大陆高等教育系统拥有“211工程”、985工程（包含985工程优势学科创新平台）、2011计划、“小211工程”（中西部高校基础能力建设工程）、111计划、卓越工程师教育培养计划、卓越法律人才教育培养计划、卓越医生教育培养计划、卓越农林人才教育培养计划、卓越教师培养计划等项目来推进高校建设。
是指由国家民族事务委员会直属的民族高校，这些高校在一定程度上不受教育部门管辖，有6所。比较有名的有：中央民族大学，中南民族大学，西南民族大学
教育部直属高校
是指由教育部直接管理的高校，基本上都是211重点大学，有112所。
通常民委直属高校都偏向招收民族学生，且录取分数较低。
教育部直属高校分数要求比较高，通常都是高出各省一本30分以上。本回答被网友采纳