中华人民共和国工业和信息化部隶属院校和教育部直属院校的区别在于：
1、
中华人民共和国教育部直属高等学校指由中华人民共和国教育部直属管理的一批高等学校，是中央部门直属高等学校的重要组成部分。
2、
中华人民共和国工信部直属高等学校指由中华人民共和国工业和信息化部直属管理的一批高等学校，是中央部门直属高等学校的重要组成部分。
3、根据国务院（国发〔1999〕26号）《国务院关于进一步调整国务院部门（单位）所属学校管理体制和布局结构的决定》，国防科工委继续管理其所属学校。2008年3月15日第十一届全国人民代表大会第一次会议通过的《关于国务院机构改革的决定》，不再保留“国防科学技术工业委员会”的机构设置，国防科工委直属的7所高校也相应转由中华人民共和国工业和信息化部直属管理，分别是：西北工业大学、
哈尔滨工业大学、哈尔滨工程大学、
北京航空航天大学、北京理工大学、南京航空航天大学、南京理工大学。
4、经过世纪之交全国高校管理体制的调整，一批实力较强、学科特色鲜明的高校均划归教育部直属管理，建国以来国家历次所确定的
全国重点大学多为教育部直属高校。