食用菌病虫害防治应遵循预防为主，治疗为辅的方针。首先从农业上防范与控制，以取得事半功倍的效果。农业防治措施有以下几种：
（1）换茬、轮作，切断病虫食源。对于发生过严重病害或虫害的栽培房，不应连续种植相同的品种，以防相同的病虫暴发，难以控制。
（2）选用抗病性强、生活力强、高纯度的菌种。引进优良菌种时选择适宜季节温度出菇的品种，这样才能消除或减少病虫害侵染的机会，安全发菌顺利出菇。
（3）保持制种场所环境清洁干燥。提高菌种成品率的重要措施之一就是保持整个制种发菌场所清洁、干燥、无污染菌袋、无积水、排水沟通畅以及空气、水源清新、干净。这样空气中杂菌指数低，接种和发菌期间感染的机会也随之降低。
（4）同一菇房、同一品种，同期播种、出菇。采取这种措施便于管理和防治病虫为害。在保证正常出菇的条件下，适当降低菇房内的湿度，增加通气量，有助于减少病菌的生存条件。采菇后及时清除残菇，断根，清除污染菌袋，保持菇房清洁，最大程度地降低病虫滋生条件。