1、第一部主要讲一个隐藏了身份的刺客Desmond一觉醒来发现被人绑架到了一个秘密基地做实验，这伙人是一个叫Abstergo Industry的公司的人，而这个公司就是一直与刺客组织Assassin对立了几千年的圣殿骑士团的现代版本，他们为了通过提取Desmond的关于祖先Altair的记忆来找到先行者Those who came before，也就是所谓的造物主（嗯，西方宗教的观念嘛）的神器来统治人类的精神（在2中会有对这些神器的进一步解释）。在十字军东征时期的Altair是一个刺客大师，一开始桀骜不驯，冷漠自大，让组织陷入险境，受到师父惩罚从学徒做起去杀九个圣殿骑士，后来在任务中逐渐改变自己的态度，并发现了邪恶的师傅的阴谋（他们十个圣殿骑士共同发现了一个神器“禁果”，师父想独吞），最终杀死了师父。同时被绑架的Desmond也在现代通过提取记忆用的机器Animus的流血效应Bleeding effect获得了祖先的特技“鹰眼视觉”，发现了在他之前原来还有16个一样的受害者惨遭公司毒手，并且看到了给他做实验的博士和博士的女助手Lucy之间不同的立场（Lucy是同伴派的的卧底，博士是大反派），并决定逃出生天。
2、第二部开场就是Lucy帮助Desmond逃脱公司，并在同时破解了与他有着极大渊源的16号实验对象的记忆，于是将Desmond带回藏身处，开始继续让Desmond从16号指出的有关一个1479年文艺复兴时期的银行家子弟Ezio Auditore Da Firenze的身上提取记忆，于是有了2的剧情。Ezio的一开始只是个打群架，各种泡妞的纨绔子弟，但是不久后家人就被人陷害遭到灭门，只带着母亲妹妹逃到了叔叔所拥有的蒙泰利奇欧尼（英文忘了。。。）庄园里藏身，后来在叔叔的指导下发现自己的父亲是刺客组织大师Altair的后代，自己也是个天生注定的刺客，于是便以复仇为目的进行训练，一个一个手刃仇人，但是在斗争的过程中，Ezio复仇的欲望越发消逝，更多的是一种为人民服务的伟大精神（。。。）。在末段，Ezio了解并找到了“禁果”，而且被一直暗中帮助自己的刺客组织接纳为一员，更是发现自己的最大仇人竟然最后成为了教皇亚历山大六世。最后Ezio的禁果被夺走，他解开了刺客密函的谜题（密函由Altair撰写，在PSP刺客信条血缘里有叙述），找到了位于梵蒂冈的远古密室，在那里打败了教皇，并且发现了密室里的秘密，竟然是先行者留给500多年后的Desmond的信息（穿越了。。。）。与此同时，Desmond的藏身所被发现，通过流血效应获得了Ezio的身手的他击败警卫，再次与同伴开始逃亡。
《刺客信条兄弟会》（不能叫3，这个系列只有更换主角了才能更换数字）的开场是1499年，Ezio带着禁果与叔叔马里奥逃离梵蒂冈，但是在处理禁果时犹豫了，将禁果交给叔叔保管，同时Desmond一行人逃离追踪，躲在了500年后的马里奥的蒙泰利奇欧尼庄园里继续提取Ezio的记忆。此时的Ezio以为任务依然结束，可以享受生活，却被追来寻仇的教皇的儿子（同样是本作最大反派）Cesar Borgia，意大利当时最有势力的军阀（突然忘了说教皇叫Rodorigo Borgia 两人都历史上确有其人）带着军队毁了庄园。Ezio于是逃到罗马即教皇的老家开始组织起地下反抗组织--即刺客兄弟会，吸纳不服教皇重压统治的人入会共同抵抗教皇军队，并且通过好友们的帮助最终成为了刺客联盟的首领，在Cesar与其父争执而杀死了教皇亚历山大六世时趁机夺取了Cesar的禁果，最终将Cesar逼上绝路，在1507年Cesar率军攻取西班牙时与他决斗，并把他从城墙上扔了下去。最后他将禁果藏在了罗马的大圆形竞技场地下的密室中。得知了禁果位置的Desmond一行人出发解开了密室之谜，找到了禁果，而Desmond却被禁果控制杀死了Lucy，陷入了深度的Animus昏迷状态。
圣殿骑士团妄图通过控制人类来拯救世界，十字军东征也是为了这个目的。他们和老对手阿萨辛（刺客组织）争斗了上千年。
刺客兄弟会则为了人类的自由而持续抗争。其中的著名人物包括里昂那多·达·芬奇，马克·波罗，乔治·华盛顿等等。但是相比圣殿骑士，他们势力和人手都相对不足。
在一切发生之前，第一文明（史前外星人社会）曾经奴役过人类，依靠的是神器“伊甸园碎片”。
一丝不挂的亚当和夏娃取得了“伊甸园碎片（也就是果实）”，从第一文明中解救了人类，当时人类技术落后，打败外星人全靠人数优势。
阿萨辛和圣殿骑士都为了争夺伊甸园果实展开斗争，人类的历史就是这样形成的。
以上都是我截取的几点概要，具体你还是要看电影和小说，因为太复杂，不是靠说能讲清楚。
