【黑暗组织主线剧集】：
《来自黑暗组织的女子》（128-131）[爱奇艺136-141] 神秘女人灰原哀登场。
《与黑暗组织的再会》（176-178）[爱奇艺190-192] 贝尔摩德登场。
《与黑暗组织的接触》（307-313，345）[爱奇艺332-338，371-375] 追踪Gin 琴酒。引出新人物赤井秀一。
《黑色冲击》（425，462-465）[爱奇艺459-463，502-505] 组织成员水无怜奈、基安蒂、科恩出场，引出新人物本堂瑛佑。
《红与黑的对撞》（491-504）[爱奇艺538-551] 水无怜奈和本堂瑛祐的身份揭晓。引出新人物 Bourbon 波本
《神秘列车篇》（699-704）[爱奇艺751-756] 各方人物的身份初步揭露。Bourbon是安室透。
《绯色篇》（779-783）[爱奇艺832-836] 安室透和冲矢昴的身份以及赤井秀一的生死之谜彻底揭晓。引出新人物 Rum 朗姆
扩展资料：
高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！
如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。
参考资料：名侦探柯南—百度百科
1、001 云霄飞车杀人事件
黑衣组织—琴酒 、伏特加出场，工藤新一喝下APTX4869变小。大幕拉开，柯南登场)
2、002 董事长千金诱拐事件
阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南
3、013 奇怪的寻亲杀人事件
宫野明美初登场
4、043 江户川柯南诱拐事件
父母知道变小
5、048 外交官杀人事件（上集） 049 外交官杀人事件（下集）
服部平次登场，工藤新一第一次恢复
拓展资料
《名侦探柯南》（日文：名探侦コナン；英文：Detective Conan；美版英文：Case Closed）是日本漫画家青山刚昌的一部以侦探推理情节为主题的漫画作品。
讲述了高中生侦探工藤新一被神秘的黑衣组织灌下代号为APTX4869的毒药后身体缩小为小学生，因此隐瞒身份，调查组织的同时不断解决各类案件的故事。初始创作于1994年，目前仍在日本小学馆的漫画杂志《周刊少年Sunday》上连载。作品亦改编为同名电视动画、真人版电视剧等。
2017年12月青山刚昌表示因为养病、充电，名侦探柯南系列作品进入长期休刊。
2018年4月，青山刚昌恢复连载，名侦探柯南正常连载。
2018年7月，名侦探柯南休刊7周。
本回答被网友采纳648（699）侦探事务所受困事件（爆发）
649（700）侦探事务所受困事件（狙击）
650（701）侦探事务所受困事件（解放）
651（702~703）柯南VS平次东西侦探推理对决★F/X
656（708）博士的视频网站（前篇）
657（709）博士的视频网站（后篇）
667（719）婚礼前夕（前篇）
668（720）婚礼前夕（后篇）
671（723）侦探们的夜想曲（事件）
672（724）侦探们的夜想曲（诱拐）
673（725）侦探们的夜想曲（推理）
674（726）侦探们的夜想曲（波本）B
675（727）一丁点都不原谅（前篇）
676（728）一丁点都不原谅（后篇）
681（733）以性命为赌注的恋爱转播（转播开始）
682（734）以性命为赌注的恋爱转播（走投无路）
683（735）以性命为赌注的恋爱转播（现场突入）
684（736）泡沫、蒸汽和烟（前篇）
685（737）泡沫、蒸汽和烟（后篇）
690（742）工藤优作未解决的事件（前篇）
691（743）工藤优作未解决的事件（后篇）
699（751）逼近灰原秘密的暗影（前篇）
700（752）逼近灰原秘密的暗影（后篇）B
701（753）漆黑的特快列车（发车）B/K
702（754）漆黑的特快列车（隧道）B/K
703（755）漆黑的特快列车（交叉）B/K
704（756）漆黑的特快列车（终点）B/K
705（757）密室中的柯南B
706（758）解谜的波本B
722（774）香甜冰冷的快递（前篇）
723（775）香甜冰冷的快递（后篇）
724（776）怪盗基德与赤面人鱼（前篇）
725（777）怪盗基德与赤面人鱼（后篇）
727（779）装满水果的宝箱（前篇）
728（780）装满水果的宝箱（后篇）
731（783）现场的邻居是前男友（前篇）
732（784）现场的邻居是前男友（后篇）
734（786~787）茱蒂的追忆与赏花的陷阱★B/F
738（791）小五郎在酒吧里（前篇）
739（792）小五郎在酒吧里（后篇）B
740（793）小兰也倒在浴室里了（前篇）B
741（794）小兰也倒在浴室里了（后篇）
744（797）嫌疑人是京极真吗（前篇）
745（798）嫌疑人是京极真吗（后篇）
751（804）招财三色猫事件（前篇）
752（805）招财三色猫事件（后篇）
754（807）赤女的惨剧（雾气）
755（808）赤女的惨剧（恶灵）
756（809）赤女的惨剧（复仇）
759（812）结局惊人的恋爱小说（前篇）
760（813）结局惊人的恋爱小说（后篇）
770（823）气氛僵硬的茶会（前篇）B
771（824）气氛僵硬的茶会（后篇）B
780（833）绯色的追寻B/F
781（834）绯色的交错B/F
782（835）绯色的回归B/F
783（836）绯色的真相B/F/C
785（838）太阁之恋名人战（前篇）
786（839）太阁之恋名人战（后篇）
787（840）沉入盛夏泳池的谜（前篇）
788（841）沉入盛夏泳池的谜（后篇）
792（845）三个第一发现者（前篇）
793（846）三个第一发现者（后篇）
810（865）县警的黑暗（前篇）
811（866）县警的黑暗（中篇）
812（867）县警的黑暗（后篇）
814（869）博客女演员的密室事件（前篇）
815（870）博客女演员的密室事件（后篇）
827（882）好吃得要死的拉面2（前篇）
828（883）好吃得要死的拉面2（后篇）
836（891）关系不好的女子乐队（前篇）
837（892）关系不好的女子乐队（后篇）
843（898）侦探团的各执一词（前篇）
844（899）侦探团的各执一词（后篇）
849（904）结婚申请表的密码（前篇）
850（905）结婚申请表的密码（后篇）
861（916）与17年前一样的案发现场（前篇）B/F
862（917）与17年前一样的案发现场（后篇）B/F
863（918）灵魂侦探被杀事件（前篇）B
864（919）灵魂侦探被杀事件（后篇）B
866（921）背叛的舞台（前篇）B
867（922）背叛的舞台（后篇）B
扩展资料
高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！
如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。
谜团重重的黑衣组织……他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南的活跃开始了！
本回答被网友采纳002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南）
013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美初登场）
043 江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048 外交官杀人事件（上集）
049 外交官杀人事件（下集）(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
057 福尔摩斯迷杀人事件（上集）
058 福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道身份)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场）
130 竞技场无差别胁迫事件(前篇)(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系)
170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出医生登场）
171 黑暗之中的死角 （下集）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇） （宫野志保第一次恢复）
178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 性命交关的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活_负伤的名侦探
190 危命的复活_第三种选择 （工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活_黑衣骑士
192 危命的复活_新一回来了
193 危命的复活_约定的场所
226 格斗游戏的陷阱（上集） （朱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂）
231 谜一样的乘客（下集）
242 元太的灾难（提到GIN是左撇子)
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布莱克出场）
259 来自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集）
272 急忙掩饰的忽略（下集） （灰原被怀疑，形势危急）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
279 迷宫的阴暗（上集）
280 迷宫的阴暗（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇） （知道克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道赤井秀一是FBI。）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
329金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。)
330金钱买不到的友情（下集）
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘密（后篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光）
346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后）
347 寻找P股上的印记（后篇）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）（真正的新出医生回归）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）
374 星星和香烟的暗号（前篇）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩的给Boss发简讯时的按键音相似，推测boss在鸟取县）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现，斗争新动向）
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看）
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈CIA身份遭到组织怀疑）
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知FBI有人死了之后想：没问题。这也成为赤井秀一没有死的疑似证据之一）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花（前篇）（最前面一部分，交代上一集的结果）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原）
563 侦探团VS强盗团(骚乱)
564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似赤井秀一的人登场) 柯南主线人物
578 召唤危机的红色预兆
579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井秀一身份再次遭人怀疑）
580 紧迫黑色的时限（水无怜奈被gin怀疑没有杀掉赤井秀一，准备杀掉水无，并对赤井秀一进行狙击。但事实上是波本假扮的赤井秀一，从贝尔摩得口中得知boss的命令后，波本与gin两人发生分歧）
581 红色的摇摆目标（水无怜奈被琴酒怀疑没有杀掉赤井秀一，琴酒准备让基安蒂对疑似赤井秀一的人进行狙击但并未成功)
710-711 迫近灰原秘密的身影
712-715 漆黑的特快列车(为抓sherry，黑衣组织在列车上设陷阱 知道波本真正身份：安室透)
716 密室里的柯南
717 解开谜题的波本
699-700 世良问小兰阿笠博士的车子颜色，假装在群马县与柯南偶遇，并试图让柯南通过她的手机与灰原哀联络，而步美等人困在被凶手纵火的小木屋中，灰原为了帮助大家逃生而服下APTX4869解药暂时恢复，世良对光彦拍下的视频中的宫野志保非常惊讶，另外此段视频也被安室透、冲矢昴通过网络看到。
701-704 黑衣组织得知宫野志保将乘坐神秘列车。贝尔摩德假扮成伤疤赤井潜入列车，确认雪莉已上车。灰原收到贝尔摩德发来的恐吓邮件后离开包厢，受到侵入其手机的冲矢昴“到我的领地来”的邀请，后被工藤有希子保护。世良遇见了“赤井秀一”，喊了他“秀哥”后被电晕，但被冲矢昴带回包厢。柯南揭穿怪盗基德身份后委托他假扮成宫野志保。贝尔摩德扔掉了有希子的变装工具，并引发排烟装置，安室透配合谎称车上发生火灾。柯南误导贝尔摩德以为组织计划进展顺利。“宫野志保”逃到列车尾部，安室对其揭晓自己的波本身份，确认之前的伤疤赤井是波本为了调查赤井生死而假扮，他也确认了赤井的死亡。安室将“宫野志保”逼入最后一节车厢，身后突然出现的无疤赤井扔出手榴弹，车厢脱离后贝尔摩德引爆了炸弹，怪盗基德乘滑翔翼逃离。列车停靠后贝尔摩德发现雪莉未死，但没有告诉其他组织成员。安室对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的眼神。
706 安室透发现柯南使用麻醉针的动作。贝尔摩德劝安室离开毛利，安室拒绝并称对“沉睡的小五郎”产生兴趣。
723 安室透救少年侦探团于险境，冲矢昴通过楼上的窗户目送他离开。
724-725 世良重提“神秘列车”上帽子丢失的事情，询问小兰有没有见到“伤疤赤井”。
727-728 兰在看着世良跑远的背影不由自主地说出“波浪”，并说“看着世良跑走的背影，耳边总会响起海浪涟漪的声音”。柯南悄悄问世良：“你和我在哪里见过吗？”但世良未正面回答，并想：“很抱歉，现在还不能告诉你，因为还没到时候……”
734 柯南告诉茱蒂伤疤赤井为波本假扮，拜托她调查安室未离开波洛咖啡厅的原因。波本窃听柯南和朱蒂的对话，称柯南为“可怕的男人”。
739 柯南通过与高木警官的对话发现神社事件中赏樱游客弁崎桐平和其“妻子”为波本和贝尔摩德假扮。
744-745 世良提到自己的二哥，世良与二哥似乎知晓柯南身份，二哥询问世良是否见到了“魔法师”。本回答被提问者采纳
名侦探柯南不能错过的10大主线剧情，这些才是柯南的精髓（上）