700集以后黑衣组织的主线剧情大致集数如下：
第723集：侦探们的夜想曲
第724集：侦探们的夜想曲
第725集： 侦探们的夜想曲
第726集：侦探们的夜想曲
第753集：漆黑的特快列车
第754集：漆黑的特快列车
第755集：漆黑的特快列车
第756集：漆黑的特快列车
第832集：绯色的序章
第833集：绯色的追寻
第844集：绯色的交错
第845集：绯色的回归
第846集：绯色的真相
第862集 与17年前一样的案发现场
第863集 灵魂侦探被杀事件
第864集 灵魂侦探被杀事件
第866集 背叛的舞台
第867集 背叛的舞台
黑衣组织是日本动漫《名侦探柯南》中的一个笼罩在神秘色彩中的跨国犯罪组织，自剧情伊始便已经出现。主角工藤新一因为看到了组织进行非法交易的场面而被琴酒灌下毒药（APTX4869）灭口，却幸运生还，并在药物偶发作用下身体缩小成为小学生模样。
该组织的真实名称不详，片中一般以“黑衣（黑暗）组织”、“组织”代称，组织的组成结构和目的也不明显。但可以肯定，黑衣组织是一个势力很广的大型犯罪组织，资产雄厚，并且在日本政界、经济界和科学界有很深的人脉。惯用手法是操控重要人物的生死，再暗中以金钱收买，开发谜样的药物以及足以影响全人类未来的程序。FBI和CIA在多年前就已经介入了对组织的调查。
扩展资料：
黑衣组织的组织计划：
1.可能是开发某种神秘药物，以达到使人永葆青春，或使时间倒流、死人复生的目的。
现尚不明确APTX4869是否就是此药物，因为琴酒本身是坚信APTX4869是杀人毒药，而且开发者宫野志保也曾打算用APTX4869自尽。
但作者青山刚昌在访谈中介绍“长生不老”并非组织的目的。
相关名言：We can be both of God and the Devil.Since we are trying to raise the dead against the stream of time. （我们既是上帝也是恶魔。因为我们要逆转时间的洪流，让死人复生。）——贝尔摩得
2.委托他人（如板仓卓）开发一款用途不明系统软件。板仓卓透露自己“为了全人类”而决定终止软件开发。
702-703《柯南VS平次 东西侦探推理对决》茱蒂、卡迈尔感觉世良很像某个人；詹姆斯则一眼看出世良是女孩。
708-709《博士的视频网站》世良对哀表现出兴趣。世良发现哀住在博士家，还打听博士邻居（即冲矢）的情况，并对着冲矢的窗户说：“我还以为是谁随随便便地住进来了呢，不过现在看起来真是杞人忧天了啊”。
719-720《婚礼前夕》自称侦探的安室透登场，事件解决后主动拜小五郎为师。
723-726《侦探们的夜想曲》安室、世良、冲矢参与从强盗手中救出柯南的行动。事后贝尔摩德联络波本，认为波本已取得毛利一行人充分信任。似乎波本就是这三人其中之一。冲矢的一句“不要露出那种表情”让哀相当在意。
727-728《一丁点都不原谅》世良表示自己认识一个“从来不笑的人”，在注意到伤疤男的存在后对其相当关注。哀想起冲矢的那句话和曾在组织卧底的诸星大（即秀一）的用语十分相似，之后哀对冲矢逐渐信任。
733-734《以性命为赌注的恋爱转播》安室为高木的指导警官伊达航扫墓，暗示安室与伊达曾是朋友。
736-737《泡沫、蒸汽和烟》哀感觉冲矢的颈部藏着某个秘密。
742-743《工藤优作未解决的事件》世良在新一家发现女性线索，冲矢因此被怀疑真实身份。后根据柯南的叙述得知女性线索柯南为有希子所留。冲矢得知柯南真实身份。最后世良含泪回望柯南和兰，内心独白“果然我是个坏孩子呢”。
751-752《逼近灰原秘密的暗影》哀为救步美三人而短暂恢复为志保，结果被世良、安室、冲矢得知志保将搭乘神秘列车。
753-756《漆黑的特快列车》黑衣组织计划在神秘列车上杀死雪莉，但被柯南委托基德假扮所救。 赤井确认为世良的大哥，安室确认是波本。列车停靠后贝尔摩德发现雪莉未死，但没有告诉其他组织成员。安室对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的眼神。
758《解谜的波本》安室发现柯南使用麻醉针。贝尔摩德劝安室离开毛利，安室拒绝并称对“沉睡的小五郎”产生兴趣。
775《香甜冰冷的快递》安室救少年侦探团于险境，冲矢通过楼上的窗户目送他离开。
776-777《怪盗基德与赤面人鱼》世良重提“神秘列车”上帽子丢失的事情，询问小兰有没有见到“伤疤赤井”。
779-780《装满水果的宝箱》兰回忆起似乎与世良见过，而且与涟漪有关。
783-784《现场的邻居是前男友》宫本由美的前男友将棋高手羽田秀吉表现出很强的记忆推理能力，还知道柯南不一般。
786-787《茱蒂的追忆与赏花的陷阱》柯南告诉茱蒂伤疤赤井为波本假扮，请她调查安室未离开波洛咖啡厅的原因。波本窃听柯南和朱蒂的对话，称柯南为“可怕的男人”。
792《小五郎在酒吧里》柯南通过与高木警官的对话发现神社事件中赏樱游客弁崎桐平和其“妻子”为波本和贝尔摩德假扮。
797-798《嫌疑人是京极真吗》世良提到自己的二哥，世良与二哥似乎知晓柯南身份，二哥询问世良是否见到了“魔法师”。
809《 赤女的惨剧》世良有意让柯南看到自己与一位神秘少女的合影。少女身体虚弱，与世良相像，要求世良称其为“领域外的妹妹”，并破坏了柯南安装的窃听器。
823-824《气氛僵硬的茶会》波本到杯户中央医院调查楠田陆道之死，获取了其死亡车辆中有手枪血迹的情报，提到自己幼年的外号“零”，回忆中出现长发女性。
832-836《绯色篇》波本在贝尔摩德的帮助下套出楠田在车内开枪自杀的情报，调查后突袭工藤宅，面对冲矢昴说出了赤井假死过程和伪装身份的推理。同时赤井在来叶山路现身，揭晓了波本的真名和公安警察卧底身份。冲矢昴确认为秀一易容，并送出基尔发来的朗姆出动的急报。
839《太阁之恋名人战》840《沉入盛夏泳池的谜》“领域外的妹妹”和冲矢昴都很关心羽田秀吉的比赛情况。世良邀请柯南到访，“领域外的妹妹”表示柯南未必符合她的期待。
845-846《三个第一发现者》哀透露朗姆为组织No.2，一只眼为义眼。
882-883《好吃得要死的拉面2》柯南发现世良或“领域外的妹妹”的本名可能为“Mary”。
892《关系不好的女子乐队》安室回忆赤井杀死了公安卧底苏格兰。
899《侦探团的各执一词（后篇）》柯南发现灰原与“领域外的妹妹”长相相似。
905《结婚申请表的密码（后篇）》灰原哀记起羽田秀吉的义兄羽田浩司在服用APTX4869名单中工藤的下两位。
916-917《与17年前一样的案发现场》柯南调查发现羽田浩司曾经作为最接近七冠王的天才将棋手。17年前时任四冠王，出于自己的爱好，远赴美国参加国际象棋比赛，在比赛前一天他下榻的酒店房间里被某人袭击死亡（他的死极可能与组织有关），死前手中握着一把剪刀。而羽田浩司的大粉丝，在当天入住同一酒店的某资本家阿曼达·休斯也同时身亡，她的保镖”浅香（ASAKA）“则下落不明，被当成最大嫌疑人追查行踪。羽田浩司在临死之前利用玻璃的机械化学效应，在水中剪了一面商家宣传的印有“PUT ON MASCARA（涂睫毛膏吧）”的小镜子，只留下了PTON四个字母，给江户川柯南和赤井秀一提供了一条重要线索——“ASACA RUM（浅香是朗姆）”。冲矢昴（赤井秀一）告诉柯南羽田浩司的遇害事件是促使其加入FBI的原因， 而直接与其扯上关系的是他的父亲（赤井务武）。
918-919《灵魂侦探被杀事件》柯南调查羽田浩司被害一案时，关键人物堀田在酒店被害，其房间隔壁住着世良和“领域外的妹妹”。世良坚称酒店房间里只有她一个人，“领域外的妹妹”表示自己的身份一定不能暴露。世良真纯和“领域外的妹妹”听到跟羽田浩司有关的事情后神色大变，世良连忙追问后续。二人似乎与羽田浩司因缘颇深。警方搜查房间时，领域外的妹妹躲在了阳台下面，用绳子固定，柯南为取证拍摄阳台之下，被世良叫走。领域外的妹妹跳上阳台，拾到柯南遗落的蝴蝶结变声器。世良在调查案件时似乎有意说给领域外的妹妹听。柯南麻醉小五郎后发现变声器遗失，世良把手机放在小五郎身后，领域外的妹妹通过手机使用变声器进行推理。案件解决后犯人逃跑，被领域外的妹妹制服。世良称领域外的妹妹为“妈妈”，领域外的妹妹表示对柯南仍不可轻易相信，毕竟他和10年前所见的小男孩已经判若两人。柯南拍摄到领域外的妹妹并怀疑其身份。琴酒表示羽田浩司的的遇害事件是17年前朗姆搞砸的事情。
名侦探柯南日版
1、第753话 漆黑的神秘列车(发车)
柯南与伙伴们一起搭乘上了铃木号特快车参加活动，位于八号车的伙伴们神情非常诡异，车厢里举办的是推理游戏，柯南和少年侦探团等人也顺势参加，而小哀能够清楚的感受到暗地里接近她的黑影，正在进行的推理游戏竟然转变成了真正的密室杀人事件。
2、第754话 漆黑的神秘列车(隧道)
正在进行的推理游戏却变成了真正的杀人事件，在列车到达名古屋前柯南他们要在乘客中揪出真正的凶手来，在他们四处寻找线索的时候灰原却忍受着内心的煎熬。内心忐忑不安的灰原正在受到组织的威胁，组织的黑影已经更近一步接近灰原，她绝对不能以这种摸样被人杀害。
3、第755话 漆黑的神秘列车(交叉)
围绕着由推理游戏急转成的杀人事件，柯南在询问过车内有嫌疑的人后渐渐有了线索，事件背后的凶手终于露出了马脚，正在他上演推理秀时却有其他的事情发生。单独出去的小哀至今未归，而世良真纯也被神秘人物电晕带走，但这个车上还藏着不一般的人物，最后谁是赢家现在还没有定论。
4、 第756话 漆黑的神秘列车(终点)
八号车厢里的杀人事件已经侦破，而有希子与苦艾酒的对峙还没有结束，在八号车厢制造火灾假象后等待着小哀的是波本。与苦艾酒所计划的一样，随着列车的爆炸苦艾酒的任务也告一段落，正在品味胜利成果的她却又看到了和少年侦探团一起的小哀。
5、第757话 密室里的柯南
为了补偿先前被卷入铃木号特快车内发生的恐怖事件，园子邀请毛利一家和柯南前往度假，而暴露身份的波本竟然以网球特别教练的身份也出现在那里，被球拍砸到的柯南不幸受伤，简单的治疗之后他被带到附近网球社成员的别墅休息，当他醒来时却发现房间里有一具不自然的尸体。
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