(1)HLA与疾病：目前能确定的与HLA有关的疾病有50余种。有些HLA型别的人群往往与免疫性疾病的发生相关，HLA与疾病关联的研究在于阐明疾病与遗传因素的关系。根据HLA预测疾病及针对性预防疾病等方面均十分重要。
(2)HLA与器官移植：为降低器官移植排斥反应程度和频度。移植前应对供、受者进行血型及组织配型，应尽量选择与受者HLA相同或部分相同的供体移植物，以延长移植物存活的时间。
(3)HLA与输血反应：多次输血的病人可发现有非红细胞溶血性输血反应，临床上表现发热、粒细胞和血小板减少或荨麻疹等。这类病人血流中均可查到抗白细胞或抗血小板HLA抗原的抗体。因此对多次接受输血者应警惕输血反应的发生。
(4)HLA的鉴定：HLA在淋巴细胞膜上存在密度最大，因此HLA鉴定取材以人外周血淋巴细胞为主。