HLA和红细胞血型一样都受遗传规律的控制。决定HLA型的基因在第6对染色体上。每个人分别可从父母获得一套染色体,所以一个人可以同时查出A、B、C、D和DR5个系列中的5~10种白细胞型,因此表现出来的各种白细胞型有上亿种之多。在无血缘关系的人间找出HLA相同的两个是很困难的。在进行移植手术时人类白细胞抗原决定组织相容性。贡献者和接受者的人类白细胞抗原越相似,排异反应就越小。而只有同卵双胞胎或者克隆(Clone,复制)的人类白细胞抗原是完全一样的。此外许多疾病与一定的人类白细胞抗原相关联,因此它们对于一定疾病的可能性有关。
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