幽门螺杆菌根除治疗结束后4周（或1个月）检测幽门螺杆菌阴性，称为根除（eradication）；不到4周检测幽门螺杆菌阴性称为清除（clearance）。清除的结果不可靠，不能用于临床疗效判断。明确根除需注意2点：（1）治疗结束至幽门螺杆菌检测前未应用过抗生素、铋剂、抗炎作用中药 (停用至少4周)或质子泵抑制剂（停用至少2周）。（2）检测采用了反映现症感染的方法（避免血清学方法），检测结果可靠。
一些研究发现，以根除治疗结束后4周作为根除标准，已根除的患者在根除治疗结束后8周（2个月）或6个月再次检测时，个别患者幽门螺杆菌会再次阳性。这些再阳性患者究竟是当时未根除还是再次感染尚有争议，但偏向于当时未根除。因此，也有学者建议采用根除治疗结束后8周作为判断是否根除的检测时间点。
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