实行政府审批制的建设项目，申请人应当在报送建设项目（预）可行性研究报告前，提出取水申请。
纳入政府核准项目目录的建设项目，申请人应当在报送项目申请报告前，提出取水申请。
纳入政府备案项目目录的建设项目以及其他不列入国家基本建设管理程序的建设项目，申请人应当在取水工程开工前，提出取水申请。 需要申请取水的建设项目，申请人应当委托具备相应资质的单位编制建设项目水资源论证报告书。其中，取水量较少且对周边环境影响较小的建设项目，申请人可不编制建设项目水资源论证报告书，但应当填写建设项目水资源论证表。
不需要编制建设项目水资源论证报告书的情形以及建设项目水资源论证表的格式及填报要求，由水利部规定。 《取水条例》第十一条第一款第四项所称的国务院水行政主管部门规定的其他材料包括：
（一）取水单位或者个人的法定身份证明文件；
（二）有利害关系第三者的承诺书或者其他文件；
（三）建设项目水资源论证报告书的审查意见；
（四）不需要编制建设项目水资源论证报告书的，应当提交建设项目水资源论证表；
（五）利用已批准的入河排污口退水的，应当出具具有管辖权的县级以上地方人民政府水行政主管部门或者流域管理机构的同意文件。 申请人应当向具有审批权限的审批机关提出申请。申请利用多种水源，且各种水源的取水审批机关不同的，应当向其中最高一级审批机关提出申请。
申请在地下水限制开采区开采利用地下水的，应当向取水口所在地的省、自治区、直辖市人民政府水行政主管部门提出申请。
取水许可权限属于流域管理机构的，应当向取水口所在地的省、自治区、直辖市人民政府水行政主管部门提出申请；其中，取水口跨省、自治区、直辖市的，应当分别向相关省、自治区、直辖市人民政府水行政主管部门提出申请。 取水许可权限属于流域管理机构的，接受申请材料的省、自治区、直辖市人民政府水行政主管部门应当自收到申请之日起20个工作日内提出初审意见，并连同全部申请材料转报流域管理机构。申请利用多种水源，且各种水源的取水审批机关为不同流域管理机构的，接受申请材料的省、自治区、直辖市人民政府水行政主管部门应当同时分别转报有关流域管理机构。
初审意见应当包括建议审批水量、取水和退水的水质指标要求，以及申请取水项目所在水系本行政区域已审批取水许可总量、水功能区水质状况等内容。 取水审批机关审批的取水总量，不得超过本流域或者本行政区域的取水许可总量控制指标。
在审批的取水总量已经达到取水许可总量控制指标的流域和行政区域，不得再审批新增取水。 《取水条例》第二十条第一款第三项、第四项规定的不予批准的情形包括：
（一）因取水造成水量减少可能使取水口所在水域达不到水功能区水质标准的；
（二）在饮用水水源保护区内设置入河排污口的；
（三）退水中所含主要污染物浓度超过国家或者地方规定的污染物排放标准的；
（四）退水可能使排入水域达不到水功能区水质标准的；
（五）退水不符合排入水域限制排污总量控制要求的；
（六）退水不符合地下水回补要求的。 取水审批机关决定批准取水申请的，应当签发取水申请批准文件。取水申请批准文件应当包括下列内容：
（一）水源地水量水质状况，取水用途，取水量及其对应的保证率；
（二）退水地点、退水量和退水水质要求；
（三）用水定额及有关节水要求；
（四）计量设施的要求；
（五）特殊情况下的取水限制措施；
（六）蓄水工程或者水力发电工程的水量调度和合理下泄流量的要求；
（七）申请核发取水许可证的事项；
（八）其他注意事项。
申请利用多种水源，且各种水源的取水审批机关为不同流域管理机构的，有关流域管理机构应当联合签发取水申请批准文件。 取水工程或者设施建成并试运行满30日的，申请人应当向取水审批机关报送以下材料，申请核发取水许可证：
（一）建设项目的批准或者核准文件；
（二）取水申请批准文件；
（三）取水工程或者设施的建设和试运行情况；
（四）取水计量设施的计量认证情况；
（五）节水设施的建设和试运行情况；
（六）污水处理措施落实情况；
（七）试运行期间的取水、退水监测结果。
拦河闸坝等蓄水工程，还应当提交经地方人民政府水行政主管部门或者流域管理机构批准的蓄水调度运行方案。
地下水取水工程，还应当提交包括成井抽水试验综合成果图、水质分析报告等内容的施工报告。
取水申请批准文件由不同流域管理机构联合签发的，申请人可以向其中任何一个流域管理机构报送材料。 取水审批机关应当自收到前条规定的有关材料后20日内，对取水工程或者设施进行现场核验，出具验收意见；对验收合格的，应当核发取水许可证。
取水申请批准文件由不同流域管理机构联合签发的，有关流域管理机构应当联合核验取水工程或者设施；对验收合格的，应当联合核发取水许可证。 按照《取水条例》第二十五条规定，取水单位或者个人向原取水审批机关提出延续取水申请时应当提交下列材料：
（一）延续取水申请书；
（二）原取水申请批准文件和取水许可证。
取水审批机关应当对原批准的取水量、实际取水量、节水水平和退水水质状况以及取水单位或者个人所在行业的平均用水水平、当地水资源供需状况等进行全面评估，在取水许可证届满前决定是否批准延续。批准延续的，应当核发新的取水许可证；不批准延续的，应当书面说明理由。 在取水许可证有效期限内出现下列情形之一的，取水单位或者个人应当重新提出取水申请：
（一）取水量或者取水用途发生改变的（因取水权转让引起的取水量改变的情形除外）；
（二）取水水源或者取水地点发生改变的；
（三）退水地点、退水量或者退水方式发生改变的；
（四）退水中所含主要污染物及污水处理措施发生变化的。 取水审批机关应当于每年的1月31日前向社会公告其上一年度新发放取水许可证以及注销和吊销取水许可证的情况。
