国六A和国六B的主要区别体现在排放要求的严格程度和实施时间的不同。国六A可以被视作是国五与国六之间的过渡阶段，而国六B则被称为是真正的“国六”排放标准。这两者都遵循燃料中性的原则，意味着不论使用何种燃料，排放限值都是相同的。
在实施时间上，国六A从2019年7月1日开始实施，持续到2020年7月1日；而国六B则从2020年7月1日开始，一直实施到2023年7月1日。自2019年7月1日后购买的汽车，虽然其合格证上不会明确标明是国六A还是国六B，但现阶段的国六汽车大部分都是国六A标准。
国六A排放规范中，一氧化碳排放量不得超过700mg/km，非甲烷烃不得超过68mg/km，氮氧化物不得超过60mg/km，PM细颗粒物不得超过45mg/km，PN细颗粒物不得超过6x10^11mg/km。相较之下，国六B的排放规范更为严格，一氧化碳汽油车的排放量不得超过500mg/km，非甲烷烃不得超过35mg/km，氮氧化物不得超过35mg/km，PM细颗粒物不得超过3mg/km，而PN细颗粒物的限制则与国六A相同。
国六B标准将于2023年1月1日强制实施。与国六A相比，国六B要求一氧化碳排放量降低20%，碳氢化合物和氮氧化物排放相对于国五标准要降低50%，颗粒物排放降低30%。从数据上看，国六B的排放标准明显更加严格，甚至被誉为史上最严格的排放规范。
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