（1）培养基含水量
食用菌菌丝体的生长发育与培养基含水量有关，只有含水量适宜，菌丝生长才旺盛健壮，通常要求培养基含水量在60%～65%之间，即手紧握培养料，以手指缝中有水外渗往下滴1～2滴为宜。没有水渗为过干，有水滴连续淌下为过湿，过干或过湿均会对菌丝生长不利。
（2）培养基的pH
一般食用菌正常生长发育需要一定范围的pH，木生菌要求偏酸性，即pH4～6，粪草菌要求中性或偏碱性，即pH为7.0～7.2。由于灭菌常使培养基的pH下降0.2～0.4，因此，灭菌前的pH应比指定的略高些。
（3）装好瓶袋的培养基应及时灭菌
培养基装完瓶（袋）后应立即灭菌，特别是在高温季节。严禁培养基放置过夜，以免由于微生物的作用而导致培养基酸败，危害菌丝生长。
（4）严格检查所使用菌种的纯度和生活力
即检查菌种内或棉塞上有无霉菌及杂菌侵入所形成的拮抗线、湿斑，有明显杂菌侵染或有怀疑的菌种、培养基开始干缩或在瓶壁上有大量黄褐色分泌物的菌种、培养基内菌丝生长稀疏、大多是细线状菌索的菌种、没有标签的可疑菌种，均不能用于菌种生产。
（5）菌种长满菌瓶后，应及时使用
一般来说，二级种满瓶后7～8天，最适于扩转三级种，三级种满瓶（袋）7～15天时最适于播种。如来不及使用，应将其放在凉爽、干燥、清洁的室内避光保藏。在10℃以下低温保藏时，二级种不能超过3个月，三级种不能超过2个月。