治疗植物神经紊乱的方法有两大类：
1、药物治疗：根据每个人的情况、每个人的脏器反应程度，分门别类的选用相应的药物进行治疗，比如患者心慌、心跳比较快，可以使用控制减慢心率的治疗药物；
2、自我调节：如果患者真的躯体上有问题，活动是比较困难的，而植物神经紊乱症状的特点就是越活动，越分散注意力，症状反而会减轻，根据这个特点，可以考虑用分散注意力的方法进行治疗，比如烦躁、出现症状的时候可以进行自我调节，如深呼吸、听音乐、多跟人交往、适度的运动。
每个患者的情况不一样，选择不同的药物，所以很多人得了这一类的病在网络上去问选择的药物，让医生很难回答，实际上很多情况需要到医院来看，经常碰到有很多的情况就是患者睡不好觉、心慌，询问用什么药，实际上要先判断心慌的原因，是心脏本身的问题，还是植物神经紊乱的问题，必须要到医院做相应的检查，跟医生适当的交流，了解患者的内心体验，了解特点后加以判断治疗植物神经紊乱最好的方法就是通过调整生活习惯、睡眠习惯以及饮食习惯，然后再辅以心理的治疗，同时给予药物的治疗。药物的治疗包括睡眠的治疗，主要是睡眠紊乱造成的失眠、睡眠质量下降，而出现的植物神经功能紊乱。
如果是入睡困难，可给予调整入睡困难的药物，主要是思诺思，还有佐匹克隆、右佐匹克隆等等。如果是睡眠维持障碍，可以用睡眠维持的药物，包括安定和舒乐安定片。通过睡眠的改善，可以改善植物神经紊乱，同时要给予一些针对植物神经紊乱造成的症状，包括头痛、头晕，可以对症治疗。还有就是纠正神经紊乱的药物，包括谷维素、5-羟色胺再摄取抑制剂、去甲肾上腺素再摄取抑制剂，目前都是很好的药物，可以改善植物神经紊乱。