在基因工程领域，当外来的DNA，包括目标DNA，与特定的载体在体外结合形成新的DNA分子，即重组DNA（也称为嵌合DNA），这个过程是关键的第一步。随后，这个重组DNA分子需要被引入到合适的受体菌中。随着受体菌的生长和分裂，重组DNA也随之复制和增殖，这个过程在生物学上被称为无性繁殖。在这个过程中，那些成功包含目标DNA的重组体就被认为形成了一种无性繁殖系，或称为克隆。
选择恰当的受体菌后，下一步是使其成为感受态细胞（competent cell），即这种细胞具备接纳外来DNA的能力。这通常通过特殊的处理技术实现。根据使用的载体类型，将重组DNA导入受体菌的方式各异，主要包括转化(transformation)、转染(transfection)和感染(infection)等不同的策略。转化通常用于质粒载体，转染则多用于真核细胞，而感染则常见于病毒载体的使用，它们各有其适用的条件和效果。
应用酶学的方法，在体外将各种来源的遗传物质——同源或异源、原核或真核、天然或人工的DNA与载体DNA相结合成一具有自我复制能力的DNA分子——复制子，继而通过转化或转染宿主细胞、筛选出含有目的基因的转化子细胞，再进行扩增、提取获得大量同一DNA分子，即DNA克隆。