斯洛文尼亚战争（1991年） 克罗地亚战争（1991年–1995年） 波斯尼亚战争（1992年–1995年） 科索沃战争（1999年） 马其顿纷争（2001年） 主条目：十日战争 (斯洛文尼亚)
1991年6月25日，斯洛文尼亚宣布独立，南斯拉夫下令由塞尔维亚控制的斯拉夫联邦军进攻斯洛维尼亚并受到强烈还击。最后经欧共体调停，冲突双方于7月7日达成停火协议，撤出斯洛文尼亚的领土，斯洛文尼亚境内武装冲突暂告平息。史称十日战争或独立战争。 克罗地亚的独立战争包括两个阶段：第一次克罗地亚战争： 1991年6月，克罗地亚随斯洛文尼亚宣布独立，同境内的塞族流血冲突再起。米洛舍维奇派志愿军到克罗地亚境内援助塞尔维亚族人。战斗主要集中在克罗地亚境内的塞族聚居区，后来扩散至和波斯尼亚和黑塞哥维那的边境地区。最后由美国外交调停结束战争。
第二次克罗地亚战争： 克罗地亚在1991年后重组军队。在1995年再度攻打塞尔维亚。结果塞军惨败，此战役较前者血腥。 “科索沃战争”或“科索沃冲突”这个名词通常是用来描述两场接续的并且有时相当类似的武装冲突。(在内战后随即发生的国际冲突）这些冲突是：1996年—1999年: 塞尔维亚和南斯拉夫安全武力和科索沃分裂武装“解放军”（一支追求科索沃省独立的阿尔巴尼亚人游击队）的战争。 1999年: 南斯拉夫和北大西洋公约组织之间的战争。从3月24日至6月10日，当北约攻击南斯拉夫目标时，阿尔巴尼亚人游击队持续与南斯拉夫武力战斗，在这段期间，西方宣传战乱造成了科索沃人口的大灭绝，但这一说法未经联合国的认定。
南斯拉夫联盟在1991年明显分裂为支持和反对米洛舍维奇两派，联邦的分崩离析在所难免。3月16日米洛舍维奇在电视上宣布南联盟结束。斯洛文尼亚、克罗地亚、马其顿、波黑随后分别宣布独立。
米洛舍维奇当时的政策是“全体塞尔维亚人生活在一个统一的国家”，即在那些独立的国家中塞族人要有民族自决权。这一政策导致民族混居的地区产生冲突，被反对者批评为“大塞尔维亚主义”。他的肖像在塞尔维亚被到处悬挂，一时间成为继铁托之后受人民拥戴的英雄领袖。
在米洛舍维奇和南斯拉夫人民军的支持下，克罗地亚和波黑的塞族人通过武力手段要求建立塞族自治区，引发克罗地亚战争（1991年——1995年）和波黑战争（1992年——1995年）。战争造成塞尔维亚的经济衰退，再加上北约派出维持和平部队阻止了塞族人的部分种族屠杀，塞族人的自治目的未能达成。在战争中，关于各方对平民进行种族清洗式大屠杀的指控层出不穷。1995年在波黑发生的斯雷布雷尼察屠杀，有人怀疑是米洛什维奇控制下的塞尔维亚特种部队所为，米洛什维奇后来因此被控犯有种族屠杀罪。
1997年7月，米洛舍维奇因任期到期，无法连任塞尔维亚总统，退而求其次竞选只包括塞尔维亚和黑山的南斯拉夫联盟共和国总统并当选。同年科索沃自治省的分裂主义势力在外部势力支持成立下叛军“科索沃解放军”。他们袭击塞尔维亚和南联盟的保安部队，并杀害塞族官员和他们认定的与塞尔维亚合作的阿尔巴尼亚族和塞族人。塞尔维亚部队和科索沃解放军的冲突截至1998年造成数百人的死亡和上万阿族平民的流离失所。
1999年2月6日，在北约的压力下，塞尔维亚和科索沃阿族代表在巴黎附近的朗布依埃举行和平谈判，谈判的基础是美国特使希尔草拟的方案。该方案的主要内容是：尊重南联盟的领土完整，科索沃享有高度自治，南联盟军队撤出科索沃，“科索沃解放军”解除武装，按当地居民人口比例组成新的警察部队维持治安，北约向科索沃派遣多国部队保障协议实施。这个方案对双方来说都难以接受，阿族坚持要最终走向独立，并且不愿解除武装，南联盟则不同意科索沃获得自治共和国的地位，亦反对北约部队进驻科索沃。但是，主持谈判的北约表示，这个方案的内容不许改变，必须接受，否则拒绝的一方将受到惩罚。在谈判陷入僵局后曾一度休会，3月15日复会，阿族代表于18日签署了协议，但塞尔维亚方面仍然拒绝在朗布依埃森林协议上签字。3月19日，北约向南联盟发出最后通牒，3月24日，北约发动了对南联盟的空中打击，科索沃战争爆发。北约对南联盟的军事目标和基础设施进行了连续 78天的大规模空袭，没有能直接制止冲突双方的暴行，还造成了500多名平民伤亡。在北约空袭的压力下，经过俄罗斯、芬兰等国的斡旋调停，米洛舍维奇无奈妥协，接受朗布依埃森林协议基本内容，同意从科索沃撤军，由联合国接管科索沃，允许多国部队进驻科索沃。
至此，西方肢解南斯拉夫的意图终于得以实现，南斯拉夫从世界版图中消失，其中的启示作用将长期给人以警醒。
