斯洛文尼亚战争（十日战争）（1991年）
克罗地亚战争（1991年–1995年）
波斯尼亚战争（1992年–1995年）
科索沃战争（1999年）
马其顿战争（2001年） 第一次克罗地亚战争：1991年6月，克罗地亚独立，同境内的塞族流血冲突再起。米洛舍维奇派志愿军到克境援助塞族人。战斗主要集中在克境内的塞族聚居区，后来扩散至克同波斯尼亚和黑塞哥维那的边境地区。最后由美国外交调停结束战争。
第二次克罗地亚战争：此战争较血腥，克罗地亚在1991年后重组军队。在1995年再度攻打塞尔维亚。结果塞军惨败。 史称波黑战争。1992年3月1日的波斯尼亚公民投票结果公布。全民赞成波斯尼亚独立，塞尔维亚向波斯尼亚开战。虽然联合国有派兵补给援助波斯尼亚。但塞尔维亚仍是大胜。1995年，塞尔维亚再向穆族人开火。迫使北约轰炸塞尔维亚3星期。最后塞军投降。
波黑战争是第二次世界大战后在欧洲爆发的规模最大的一次局部战争。战争中，塞族共动用近2000门大炮、600辆坦克、600辆装甲车以及一些战斗机等。波黑430多万人口中有27.8万人死亡，200多万人沦为难民；全国85%以上的经济设施遭到破坏，直接经济损失450多亿美元。波黑战争自始至终伴随着外部势力的军事介入和武装干预，特别是美国以北约为工具所进行的军事干预对战争结局产生了重大影响。 当1996年建立的科索沃解放军向塞尔维亚官员和阿尔巴尼亚人发动攻击时，冲突开始白热化，塞尔维亚官方开始大量拘捕，塞尔维亚警察在1998年3月开始大肆搜捕德雷尼察地区的科索沃解放军，冲突更加激烈，安理会对南斯拉夫包括科索沃实行武器禁运，但境况愈演愈烈，直至爆发战争。
1999年3月，在向南斯拉夫提出警告并在科索沃塞尔维亚人进行进攻的情况下，北约对南斯拉夫实行空袭轰炸，秘书长说这是外交失败造成的悲剧，虽然有时候“为了和平而使用武力是合法的”，但安理会在任何这样的情况下都必须参与进去。
南斯拉夫对科索沃解放军进行大规模攻击并开始大量驱逐科索沃的阿尔巴尼亚人，造成了史无前例的85万难民，联合国难民事务高级专员办事处和其他人道主义机构在阿尔巴尼亚和前南斯拉夫的马其顿共和国对难民进行多方面的帮助。
