国家税务总局为规范税务行政裁量权的行使，出台了一系列指导意见，旨在健全相关程序制度，确保公正、公平地处理税务事务。
首先，强调了告知制度的重要性。税务机关在作出裁量决定时，必须履行法定告知义务，详细告知纳税人裁量事实、理由和依据，各级税务机关需明确告知内容、程序及救济措施，确保透明度。
其次，回避制度被进一步完善。涉及法定回避事项时，税务机关需告知纳税人享有申请回避的权利，对税务人员存在回避情形的，必须执行回避规定。各级税务机关需明确回避范围、救济措施及法律责任，并规范申请、受理、审查和决定等程序。
在听取纳税人意见方面，陈述申辩和听证制度被强化。税务机关需充分听取纳税人意见，采纳合理的事实、证据和理由。各级税务机关需完善陈述申辩程序，明确适用听证事项，确保听证程序规范。
对于行政决定的合理性，说明理由制度也被强调。税务机关在决定中必须详尽解释事实认定、法律适用和裁量基准，逐步推广使用说理式执法文书，增强决策的可理解性。
对于重大或复杂的裁量事项，税务机关将实施合议制度，共同研究决定，以集体智慧提高决策质量。各级税务机关需明确合议程序、工作职责和决策方式。
此外，重大执法事项的备案制度也被严格执行，涉及重大裁量事项的处理结果需向上级税务机关审查并备案，以确保决策的合规性。
最后，规范税务行政裁量权工作的落实，需要各级税务机关加强领导，确保各项制度有效执行，为公正、高效地管理税务事务提供坚实的保障。
2012年7月3日，国家税务总局以国税发〔2012〕65号印发《关于规范税务行政裁量权工作的指导意见》。该《意见》分充分认识规范税务行政裁量权的必要性；规范税务行政裁量权的基本要求；建立税务裁量基准制度；健全税务行政裁量权行使程序制度；加强领导、狠抓落实，为做好规范税务行政裁量权工作提供有力保障5部分。