一文掌握pull down实验 || RNA pull down，DNA pull down，Protein pull down

Question

如题所述

Answer 1

了解蛋白与核酸相互作用的Pull Down实验，包括GST、DNA和RNA版本，有助于深入研究生物学中的蛋白质相互作用。以下是这些技术的详细介绍和操作步骤。

1. GST Pull Down

基本原理是利用GST融合蛋白吸附细胞提取物中的配体蛋白。首先，通过基因工程将目标蛋白与GST融合，然后在含有GSH的色谱柱上纯化。实验中，通过添加GST融合蛋白和细胞裂解物，结合后通过洗脱和电泳分析，确认蛋白质间的相互作用。

2. DNA Pull Down

这种技术用于研究DNA与蛋白的相互作用，通过生物素标记的DNA片段与链霉亲和素磁珠结合，然后孵育与细胞核蛋白，纯化出与目标DNA片段结合的蛋白质。最后通过Western blot或质谱鉴定目标蛋白。

3. RNA Pull Down

RNA pull down通过体外转录标记的生物素RNA探针，与胞浆蛋白孵育形成RNA-蛋白质复合物，结合到磁珠上分离，通过Western blot或质谱鉴定特定的RNA结合蛋白。

每个实验都涉及样品准备、孵育、富集、洗涤和检测阶段，如体外转录、磁珠富集、蛋白酶抑制剂的使用、蛋白纯化等。选择合适的样品类型和量，以及采取适当步骤来防止RNA降解，是实验成功的关键。

对于DNA和RNA pull down，应用广泛，例如在转录因子的识别、启动子序列的研究以及lncRNA和小肽的交互分析中。在选择互作蛋白时，需要根据实验目标和功能特性进行筛选。