RNA pull down实验原理：先将体外转录的RNA结合到Beads上，再将RNA-Beads和细胞裂解液孵育，这样与目标RNA结合的蛋白便会一起吸附在Beads上。
洗涤掉不结合的蛋白后，用洗脱液将RNA-protein复合物从Beads洗脱下来，之后可以采用Western Blot技术检测特定的结合蛋白，还可以采用质谱方法鉴定与目标RNA结合的未知蛋白。
Pull down实验方案设计：
1、构建含His或GST标签的诱饵蛋白原核表达载体。
2、原核表达诱饵蛋白（我们采用自诱导培养基培养细菌，能有效降低包涵体的形成）。
3、细菌裂解液过柱，带标签的诱饵蛋白被固相化亲和配基捕获，产生“次级亲和支持物”。
4、待测样品裂解液过柱孵育，与诱饵蛋白互作的蛋白被“次级亲和支持物”吸附。
5、清洗，离心，去除未结合的杂蛋白。
6、洗脱，得到诱饵蛋白及其互作蛋白的复合物。
7、如要验证某蛋白X与诱饵蛋白互作，则将6.所得的蛋白复合物与X蛋白的抗体孵育，做Western blot验证即可。
8、如要寻找诱饵蛋白可能的互作蛋白，则需将6.所得的蛋白复合物做LC-MS/MS鉴定。
以上内容参考：百度百科-GST pull-down assay
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