这个问题并不准确，其实陈寿在《三国志》中对诸葛亮的总体评价非常高了。
陈寿在写《三国志》的时候，共有八个人是单独列传，分别为曹操、曹丕、曹叡、刘备、刘禅、诸葛亮、孙权、陆逊。这个八个人中六个是皇帝，只有诸葛亮和陆逊身为臣子却能单独列传，从这一点来说，就可以看到陈寿对诸葛亮的定位非常高。
而且在《三国志·诸葛亮传》中，陈寿对诸葛亮的一生进行总结时，说他在刘备死后，蜀汉危急的情况下事无巨细，全部一手处理，外和东吴，内平叛乱，颁布法律制度，训练军队，赏罚分明，作恶的必定会受到惩处，为善的也一定会得到表彰，使得全国官吏都不敢违法乱纪，人人追求上进，民间路不拾遗，百姓不恃强凌弱，风气井然。
及（刘）备殂没，嗣子幼弱，事无巨细，（诸葛）亮皆专之。於是外连东吴，内平南越，立法施度，整理戎旅，工械技巧，物究其极，科教严明，赏罚必信，无恶不惩，无善不显，至於吏不容奸，人怀自厉，道不拾遗，强不侵弱，风化肃然也。
而在对诸葛亮生平进行评价时，陈寿又说诸葛亮担任丞相期间善待百姓，待人以诚，公正无私，赏罚分明，忠臣和有能力的人即使有仇也会得到提升，亲人犯法也会处罚，善举和恶行不管大小，都会得到相应的处置。所以虽然诸葛亮主政时期刑罚严苛，可是百姓都爱戴他，那些被他惩处的人也没有怨恨，是治世的良才，堪比管仲、萧何这两位良相，可以说是极尽赞美之词。
诸葛亮之为相国也，抚百姓，示仪轨，约官职，从权制，开诚心，布公道；尽忠益时者虽仇必赏，犯法怠慢者虽亲必罚，服罪输情者虽重必释，游辞巧饰者虽轻必戮；善无微而不赏，恶无纤而不贬；庶事精练，物理其本，循名责实，虚伪不齿；终于邦域之内，咸畏而爱之，刑政虽峻而无怨者，以其用心平 而劝戒明也。可谓识治之良才，管、萧之亚匹矣。
甚至当有人批评诸葛亮的文采不是很好时，陈寿也为他进行了辩护，说诸葛亮平时交流的人，都是普通的凡人，所以文采上没法过于华丽。
亮所与言，尽众人凡士，故其文指不得及远也。
当然，陈寿评价诸葛亮军事能力的时候，说他以练兵见长，不善于奇谋，连年劳师动众北伐，却没有取得成功，就是因为带兵打仗不是他所擅长的。相比之下，唐朝名将李靖等人对诸葛亮军事能力极为推崇，陈寿这个评价似乎显得有些低了。
然亮才，於治戎为长，奇谋为短，理民之干，优於将略……然连年动众，未能成功，盖应变将略，非其所长欤！
但是我们也要看到，陈寿在《诸葛亮传》中也提到诸葛亮面对的敌人都是当时的人杰，加上魏强蜀弱，魏国还有本土防御的优势，蜀汉人才匮乏，没有韩信、王子城父那样的名将，才会导致北伐屡次失败，强调了诸葛亮失败的客观原因。
而所与对敌，或值人杰，加众寡不侔，攻守异体，故虽连年动众，未能有克。
显然陈寿说诸葛亮“奇谋为短”和不擅长将略，只是相对诸葛亮的政治能力而言，并非真的说诸葛亮军事方面能力很差。更何况陈寿毕竟只是个文人，在诸葛亮北伐没有取得实质性进展的情况下，对于他军事能力的认知可能没有李靖这样的军事家那么透彻，评价相对低一些也就不奇怪了。
所以综合来看，陈寿认为诸葛亮政治方面和管仲、萧何相当，军事也只比韩信差一些，对于诸葛亮的评价已经非常高了。