北京大学药学院在国际国内的教育与科研合作中处于活跃地位。它与全球各地的顶尖机构，如美国、英国、法国、德国、日本、荷兰，以及港、澳、台地区的十多所知名大学和企业建立了紧密的合作伙伴关系。通过这些合作，学院已接纳了四位名誉教授和十一名客座教授，这些国际专家的加入无疑增强了学院的学术实力和国际影响力。
这些广泛的交流与合作对于提升药学院的整体水平起到了关键作用，它推动了学院的稳步发展。学院致力于将自己塑造成一个全方位发展的药学教育中心，目标是在未来几年内达到国际一流的标准。这个目标不仅涵盖了学科的全面覆盖，还包括教学、科研能力的提升，以及对国际药学领域的深度参与和贡献。
北京大学药学院始建于1941年引，原名为北京大学中药研究所，1943年以此为基础建立了北京大学医学院药学系，设本草专业和制药专业；1952年医学院独立建院，随之改名为北京医学院药学系，设药学、药物化学、应用化学（医药）三个专业；1985年随学校更名为北京医科大学药学院，设药学、药物化学、药理学三个专业。2000年4月原北京医科大学和北京大学合并组建新的北京大学，随之更名为北京大学药学院。