茂县是我国最大的羌族聚居区和羌民族文化核心区，“5·12”大地震使茂县羌族博物馆遭到严重破坏，恢复羌族博物馆成为当地灾后重建的一项重要任务。当地政府邀请设计单位设计了10多个建设方案， 最后敲定了一个最佳方案。按照规划设计，茂县在县城对面修建新羌城，博物馆则位于新羌城中的水溪村位置。规划投资达到7000多万，占地60亩，建筑面积1万多平方米。据设计人员介绍，中国羌族博物馆将体现民族传统和地域特点，“蓝天雪域为景，碉楼青山为台”将成为博物馆未来风貌最好写照。
茂县在地震前就已成为川西北著名的旅游集散地。在重建中，茂县提出了重新恢复打造成为“羌文化旅游目的地”和“川西北旅游集散地”的计划。按照规划，从成都方向来的游客进入新羌城时，第一眼就能看到茂县地标“中国羌族博物馆”。当地新规划的羊儿街将建成类似“拉萨八角街、丽江四方街、阳朔西街”等民族特色颇浓的旅游文化商业街道。
2009年3月30日，茂县当地政府宣布，将投资7000多万元，在5·12地震周年日重建中国羌族博物馆。
2009年5月12日 ，汶川大地震极重灾区四川茂县，隆重举行了纪念“5·12”抗震救灾一周年暨羌族博物馆重建奠基活动，近万名群众身着民族服饰或深色服装，从四面八方赶来参加。
2010年3月5日，新的羌族博物馆正式开工建设，新建的羌族博物馆背靠青山、面向岷江，建筑面积约1万平方米，包括文物中心库房、文物展演厅、文物保护科研区等六大区域。总投资1.3亿元，其中由山西对口支援7586万元，重建的博物馆馆体建筑有3个区域，之间用连廊连接，地上最高建筑为4层，还有一个高达19米的独立塔，塔体设计为羌族特有的羌雕式样。新的羌族博物馆将提高抗震性能，地下特别设置了隔震层，结构上采用钢结构体系，抗震等级按8度设防。
羌族博物馆自成立以来，在考古发掘、展览陈列、文物征集、文物保护、民族研究等领域取得了许多令人瞩目的成绩。二十多年来，茂县羌族博物馆收藏了上万件珍贵的历史文物、民族文物。闻名世界的中国工农红军二万五千里长征在茂县也留下了大量珍贵的遗迹和遗物，为建设羌族博物馆打下了坚强的物质基础，为举办陈列、展览提供了内容保障。
汶川大地震中，有2万多羌族人去世或者失踪，占羌族总人口数的10%。全国最大的羌族聚居区和羌文化核心区茂县遭遇空前劫难。历史悠久、绚丽多姿的羌文化未能幸免，损失极为惨重。为了保护馆藏的近万件文物，2008年7月4日，文物转移车队由茂县出发，经松潘、平武、江油、绵阳抵达成都金沙遗址博物馆，将转移文物安全有序地放置进了库房。之后，茂县羌族博物馆6箱丝织文物(民俗)由金沙遗址博物馆地下库房安全转移至成都博物院文物保护研究中心。至此，文物千里大转移顺利完成，羌族珍贵的文化遗产终于得到了妥善的安置。
在全国人民的大力支援下，几乎在大灾难发生的同时，茂县羌族文化就迈出了重建的步伐。山西人民的倾力援助下，总投资13868万元、占地面积60亩、总建筑面积10653平方米、展陈面积4229平方米的茂县羌族博物馆以崭新的面貌展现在世人面前。2012年6月18日，近10000件文物在离开茂县4年之后又重新回到了中国羌族博物馆。
近万件珍贵文物被分别成列在了自然厅、地震厅、信仰厅、羌源厅、民俗厅、重宝厅、营盘山厅、红军厅八个展厅，充分展示羌族地区的历史面貌和文化脉络，体现了生生不息的民族精神。
