学校布局的调整是区域教育发展中经常性的工作，但是，近几年我国农村广泛进行的以“撤点并校”为导向的学校布局调整力度之大、涉及范围之广，是新中国成立以来罕见的。所造成的大量的校舍闲置，引发出诸多新的社会问题。
撤点并校，学校向县、乡集中，带来的直接后果是城镇出现学生人数很多的巨型学校和巨型班级，尤其是县城的高中，学生人数达五六千、近万人的中学已不在少数。如此巨大的学校规模，给学校管理、学校文化营造、校风建设以及教育资源再分配等方面都带来新的问题。学校过于集中，也给居住分散的农村学生上学带来不便，不仅路途遥远，也存在安全隐患，加重了家长和学生的负担。寄宿制、一餐走读制或租车接送，家长付出的成本都远远超过了义务教育免学费、书本费带来的实惠，看不出家长和孩子们赢在哪里。经济负担加重又成为学生失学和辍学的重要原因之一。
为了适应集中办学，解决上学路途遥远的问题，发展寄宿制学校是农村撤点并校后采取的普遍做法。寄宿制学校又会带来新的问题，因为大部分学校都不是按寄宿学校的标准设计的，不能满足学生寄宿的基本要求，如宿舍、就餐、饮水、洗漱、卫生、保安等等。十多人甚至几十人拥挤在大通铺上，而卫生间却远在校园的另一角。即使这种住宿条件，也还不能使所有学生都寄宿，因而城镇里出现了大量的陪读者。陪读者大都是学生的爷爷奶奶，他们在学校边上租房做饭、陪孙子上学。农村变成什么样子了呢?孩子的父母外出打工，爷爷奶奶在县城陪孙子读书。撤点并校、集中办学迫使农村留守的老人和孩子也进入了城镇，农村则是房屋上锁、田地撂荒，一片凋敝景象。
高中生寄宿不足为奇，初中生寄宿管理难度就很大了，现在很多地方已开始推行小学生寄宿，六七岁的孩子就要远离父母，在学校里独立生活。即使学校的物质条件、管理水平很好，也不能替代孩子与父母的亲子关系。孩子从小学到高中度过12年的寄宿生活，对他们的心理发展会产生什么样的影响，这个问题似乎学校和教育行政部门并没有长远的考虑。有专家建议应该给集中办学后的学校配备校车，接送孩子上学。确有部分学校这样做了，租用社会车辆接送孩子，车辆安全性、司机资质没有保障。营运者为降低成本常常严重超载。也有家长们合租农用车接送孩子，挤满了孩子的敞篷农用车，颠簸在崎岖的山路上，谁又为他们的安全负责呢?在发达国家我们常能在街上看到黄色的校车，车里座位高低、安全设施等都是专门为孩子设计的，对驾驶校车的司机有更为严格的资质要求。
撤并村校还会带来更为深层的乡村文化断裂和乡土认同的迷失。在中国传统的乡村文化中，学校是文化传播的中心，具有至高无上的地位，教师是乡村的知识分子，学校和乡村不可分割，乡村会因为有学校变得更加完整，村民也会因为自己的学校而感到自豪。学校和村民、和乡村文化构成了一个完整的文化群落。在撤点并校过程中，关于撤哪个村的学校，把学校并到哪里，邻近几个村常常为此发生冲突甚至械斗，说明村民对学校有深厚的感情。撤点并校对村民来说也很无奈，学生确实太少了。昔日引以为豪的学校成为村民的内心之痛。
调研
东北师范大学农村教育研究所学者刘善槐指出 ，学校撤并的确提高了校舍单位面积、办学资金的利用率，降低了当地政府用于办学的成本。但学校撤并把部分政府的经济成本转嫁为农民的经济成本、学生的时间成本和安全风险。他的调研显示，撤校后学生上学距离平均变远4.05公里，安全隐患增加；住宿生的平均年花费为1157.38元，成为农村家庭的额外开支。
西北师范大学学者白亮在甘肃某县的调研显示，当地出现大规模的教育资源浪费现象。截至2009年初，该县闲置的、由希望工程或公益基金会投资的项目学校就有11所。一些被撤并的学校，不少是2004、2005年新建的学校。一些被撤并的村小中只有学前班，大量教室闲置。另一方面，则是学生集中到城镇后形成大量“超级学校”，而国家对农村寄宿制学校的资金投入主要集中在学校教学设施的建设上，对学生的生活保障投入普遍不足。
