1、报销类别不同：甲类医保针对甲类药物报销，乙类医保针对乙类药物报销。甲类药物是国家统一制定的、临床治疗必需的、同类药物中价格较低的药物，必须在药店销售；乙类药物是指能提供临床治疗选择使用的、疗效好、价格较高的药物，除了可以在药店销售外，还可以在普通企业等地方销售。
2、报销金额不同：一般而言，甲类药物能够全额报销，乙类药物能报销一部分，也要自付一部分，各地区的相关政策不同，报销的比例也有所不同。对于进入了医疗费的部分，在高于基本医疗费用起付标准后，才能按照规定比例和标准报销。甲类药物的OTC标识一般为红色，乙类药物OTC标识为绿色的，乙类药物更加安全。
医保报销注意事项：
1、最低可报销医疗费用：不同地区，医保起付线都不一样，比如北京门诊起付线是1800一年，住院起付线1300一年。
2、可采取医保报销范围：只有在医保目录内的药品和治疗项目花费，才能报销医保。甲类可全额报销，乙类只能报销80%或90%，丙类不能报销。
3、最高可报销医疗费用：医保报销也是有限额的，一个人每年最多保险有限制，不同地区的政策不一样。
以上内容参考 百度百科-医保甲类
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