1.大陆沉积环境
1）湖泊相
淡水湖泊相生物化石丰富，常见腹足类、双壳类、介形虫，叶肢介、鱼、虾及昆虫等生物化石。通常滨湖沉积物中化石稀少，仅可见少量植物碎片；浅湖沉积物中植物化石也不多，也不完整，但有较多的淡水动物化石；深湖相浊积岩中，常见较多的植物碎片，且与鲍马序列共生。盐湖沉积物中常含有双壳动物、介形虫、植物碎片及硬鳞鱼类的鳞甲、龟类等化石。
2）河流相
河流相沉积物中常见的是植物化石或植物碎片。河床、浅滩中可沉积细小的植物碎片，一般没有动物化石，而在河漫滩沉积物中植物化石可呈完整叶片出现。废弃河道形成的牛轭湖中，常出现大量的植物叶片、双壳类及腹足类介壳等。由煤系地层形成的冲洪积物中，可含较多较大的植物碎片，河床相中甚至可见硅化木，而硅化木的排列方向可指示水流的方向。
3）陆缘近海湖相
陆缘近海湖泊中广盐性生物化石非常丰富，常见的门类有鱼类、双壳类、腹足类、有孔虫、介形虫及藻类等，其特点是具海陆混生生物组合特征。典型的陆相化石通常有陆相介形虫、轮藻、淡水植物种子及孢粉等，海相及过渡相化石有海相有孔虫、半咸水介形虫等。陆缘近海湖泊中生物化石组合的另一个特征是：原地埋葬的广盐性有孔虫、半咸水介形虫及河流异地搬运埋葬的淡水轮藻藏卵器、潮水强烈磨损的海相介形虫等常常共生在一起。
2.过渡沉积环境
1）三角洲相
三角洲中生物化石非常丰富，常见的门类有陆相介形虫、海相介形虫、双壳类、腹足类、棘皮类、海胆刺、苔藓动物及少量有孔虫和植物碎片等。在不同的三角洲亚环境中，其生物化石组合特征不同。三角洲平原相以海相介形虫与陆相介形虫混生为特征，常见腹足动物、双壳动物及植物碎片化石，并有大量遗迹化石等。三角洲前缘相中生物扰动构造及遗迹化石非常发育，常见介壳层沉积，海相介形虫和有孔虫含量增加，壳体也增大。前三角洲相以海相化石为主，主要有双壳类、腹足类、介形虫、海胆、有孔虫、掘足类、苔藓虫等，也可以有少量陆相介形虫、有孔虫及双壳类化石。
2）河口湾相
河口湾相生物化石组合特征是既有陆相淡水生物化石，又有过渡相及海相（半咸水—咸水）生物化石，海相生物与陆相生物混生。常见的淡水化石有介形虫、腹足动物、双壳动物、叶肢介、轮藻、孢粉等，过渡相及海相化石有多毛类虫管、底栖有孔虫、鱼类、甲藻等。潮滩沉积中，淡水硅藻、轮藻与咸水有孔虫混生，河口附近咸水有孔虫与淡水介形虫、有壳变形虫混生。
3.海相沉积环境
1）滨海相
滨海相沉积物中完整的化石较少，以生物介壳及生物碎屑为主，可见少量陆生植物碎片。潮上带及潮间带遗迹化石丰富，底埋底栖、钻孔底栖生物所留下的虫穴、虫管、钻孔及生物扰动构造通常也很发育。常见藻类叠层石，生物化石有薄壳的小型有孔虫、介形虫和少量软体动物化石等。潮下带遗迹化石以生物扰动构造和潜穴为特征，常见的化石组合有有孔虫、绿藻、苔藓虫、软体动物和海胆等。
2）浅海相
浅海沉积相中生物遗体化石极为丰富多彩，保存也相对完好。常见的门类包括藻类、有孔虫、古杯、珊瑚、层孔虫、腕足、棘皮、双壳、腹足、介形虫及三叶虫等，它们常常构成各种各样的生物碎屑灰岩或礁灰岩，如有孔虫灰岩、海百合灰岩、生物介壳灰岩，以及由珊瑚、海绵、钙藻、苔藓动物等组成的礁灰岩。生物碎屑灰岩通常与高能、动荡的沉积环境有关，如浅滩、砂坝、潮道上部及礁前等；而生物礁则反映了温暖、清澈的浅海环境。
元古宙造礁生物主要是钙质藻类。早古生代生物礁相化石组合以层孔虫、横板珊瑚及钙质藻类为主；晚古生代生物礁相化石组合以层孔虫、四射珊瑚、腕足动物、钙质藻类、苔藓及棘皮动物为主要造礁生物。中生代生物礁相化石组合以钙质藻类、海绵动物及六射珊瑚为主。而新生代生物礁相化石组合以钙质藻类、软体动物、八射珊瑚为主。
3）深海相
通常深海相生物化石组合由游泳或浮游型生物组成，主要包括颗石藻、硅藻、放射虫、抱球虫、硅质海绵骨针、海百合茎、薄壳型菊石、薄壳型竹节石、牙形刺及浮游型有孔虫等。底栖动物不常见，可有少量薄壳型双壳、薄壳型腕足、苔藓、海胆及某些小型单体珊瑚等。