l1956年6月，教育部党组批准，成立教育科学研究所筹备处。
l1957年1月，国务院批准教育部筹建教育科学研究所。中央书记处批示同意成立中央教育科学研究所。
1958~1959年，教育部决定，中央教育科学研究所与北京师范大学结合，参加“教育革命”，由教育部、北京师范大学双重领导。
1960年10月，中央教育科学研究所正式成立，由教育部直接领导。其主要职责是：以马克思列宁主义、毛泽东思想为指导，切实贯彻理论与实践统一的原则，经过科学实验和调查研究，总结实际教育工作的经验，为我国社会主义教育建设事业服务。下设办公室、研究部（含教育理论研究组、教育史研究组、教材教法研究组、教育心理研究组）、资料室。
l1970年6月，中央教育科学研究所被撤销。
l1978年9月，国务院批准重建中央教育科学研究所。研究所为教育部直属事业单位，业务上受中国社会科学院指导。其职责是：开展以教育理论、教育心理学、教学方法、教育史、教育情报、各国教育制度、教学现代技术、各级各类学校管理等方面为重点的教育科学研究。下设教育理论研究室、教学方法研究室、教学现代化技术研究室、教育心理学研究室、教育史研究室、教育制度研究室、教育情报研究室、各级各类学校管理研究室、幼儿教育研究室、 《教育研究》编辑室、图书资料室和办公室。
l1978年10月，教育部成立教育科学规划小组，其办公室设在中央教育科学研究所。
l1980年4月，成立教育科学出版社。
1981年2月，调整全所机构建制。研究机构设：教育理论研究室、教育心理学研究室、教育制度研究室、教学方法研究室、教育史研究室、学校管理研究室、幼儿教育研究室、外国教育研究室、现代数字手段研究室；科辅部门设：图书资料室、《教育研究》编辑部、教育科学出版社；党政设：办公室、人事处、科研规划处、行政处、基建办公室、党委办公室。
l1983年9月，教育部正式批准成立全国教育科学规划领导小组。全国教育科学规划领导小组办公室设在我所，由历任所长任主任。办公室作为全国哲学社会科学规划单列学科管理部门，业务上接受全国社科规划办公室的指导和管理。
1986年3月，成立老干部处。
1986年，教育制度研究室分设为职业技术教育研究室、成人教育研究室。
1987年1月，增设德育研究室、教育实验研究室、教育评价研究室、体育研究室，并按照国家教委党组对筹建中国教育科学研究院的要求，逐步调整全所科研结构、配备合理的科研队伍。
1988年2月，增设农村教育研究室。
1988年4月，增设特殊教育研究室。
1990年10月，设立监察室。
1991年5月，设立财务处。
1991年7月，《教育研究》编辑部改名为教育研究杂志社。
1991年10月，设立审计室（处级）。
1991年12月，成立联合国教科文组织北京教育学术交流中心
1992年3月，建立教育科学培训部。
1992年4月，设立国家教委高等教育研究中心。该中心与我所高教研究室合并，由我所归口管理，科研业务同时受国家教委高等教育司指导。
1992年4月，建立学校体育卫生研究中心。原体育研究室并入该中心。其业务工作由国家教委体育卫生司和我所双重领导。
1992年5月，成立教育科学技术开发中心。
1992年6月，成立中央教育科学研究所音像出版社。
1993年11月，职业技术教育研究室合并到教育部职业技术教育中心研究所。
l1995年1月，实施全所机构改革。中央教育科学研究所是国家教委直属的事业单位，是综合性的教育科学研究机构，设：教育战略规划与政策研究室、德育研究中心、教育质量测评监控研究中心、农村教育研究室、幼儿教育研究室、特殊教育研究室、教育实验研究中心、基础教育课程教材研究中心、基础教育课程教材评价研究室、高等教育研究中心、成人教育研究中心、学校体育卫生艺术教育研究中心、比较教育研究中心、教育信息研究中心、教育理论研究室、教育心理研究室、教育史研究室。科辅机构设：教育研究杂志社、教育科学出版社、教育科技开发部。党政机构设：党委办公室、所办公室、人事处、科研管理处、财务处、老干部处、基建设备处、所学术委员会（兼职）。
