生物力学与组织工程教育部重点实验室
重庆大学生物力学与组织工程教育部重点实验室的前身是原国家教委生物力学及生物流变学开放研究实验室，1999年9月28日经教育部正式批准更名为生物力学与组织工程教育部重点实验室。
重庆大学的生物医学工程学科始于七十年代末。其中，于1980年获得我国第一个生物力学硕士点，1986年获得我国第一批两个生物力学博士点之一，1988年获得教育部生物力学重点学科，1985年获得生物医学仪器硕士点，1989年设立生物医学仪器本科专业，1994年成立教育部生物力学及生物流变学开放实验室。1998年学科调整，生物力学和生物医学仪器归属生物医学工程学科，获得生物医学工程（一级）学科重点学科、博士后流动站、博士点和硕士点。经过20多年的锤练，已培养了一支学术水平高、年龄结构合理、专业背景互补、博士硕士比重大的、朝气蓬勃的科研队伍。
该室在生物力学与组织工程相结合的领域开展前沿、创新性应用基础研究，以生物流变学方法探索组织与细胞的应力与生长关系，并将研究成果应用于生物医学、医药、农业、生态环境等领域，以“985工程”创新团队为支柱，形成研究特色鲜明、具有重大国际影响的生物流变科学与工程实验室。
2000年-2004年，实验室先后承担了国家、部省市、横向科研项目194项，其中：国家 “973计划”前期项目1项；国家 “973计划”子项目1项；国家高技术发展计划（“863计划”）项目5项；国家高技术发展计划（“863计划”）子项目2项；国家安全部项目1项；国家自然科学基金重点项目1项；国家自然科学基金面上项目24项；国家自然科学基金青年基金3项；国务院三峡办项目2项；国家科技攻关计划重大项目4项；高技术示范建设项目1项；部省级科研项目73项；其中,春晖计划项目13项；教育部科学技术研究重点项目1项；横向协作及其它项目64项。
2000年-2004年，实到项目总经费达2115万元，年均科研经费达到423万元。其中：国家级科研项目(52项)总经费：1303万元，平均每年260.6万元；部省市级科研项目(73项)总经费：564万元，平均每年112.8万元；横向科研项目 ( 69 项 ) 总经费：248万元， 平均每年49.6万元。已经完成的项目总经费达974.2万元，年均194.84万元。在研的项目总经费为1141万元，其中：国家级科研项目 23项，研究经费723.8万元；部省市级科研项目 37项，研究经费272.5万元；横向科研项目25项，研究经费144.7万元。
2000-2004年度，该实验室培养硕士研究生、博士研究生及博士后的情况是：博士后16人（出站3人）；博士118人（毕业51人）；硕士285人（毕业145人）；其他工程硕士和高校教师57人（毕业21人）。
此外，该室长期与以美国UCSD为代表的世界顶级实验室保持良好合作交流；作为国际生物流变学会常务理事，首次为我国成功地争取并承办了国际生物流变学大会。
该室是国内唯一以“生物力学与组织工程”纳入“211工程”重点学科和“985工程”科技创新平台建设的单位。凝聚了一支特色鲜明、国内最大的生物流变学研究团队；冯元桢先生2004年评价该实验室“执中国生物医学工程之牛耳”。
该实验室的代表性成果有：生物力学工程方向“血液循环系统生物力学及组织工程基础研究”、“应力对植物生长影响及机理初步研究”；组织工程与生物材料方向“组织工程支架基础研究与应用”、“聚乳酸型生物材料的研究与应用”；生物信息与药物方向“新药研发新技术的基础研究及应用”。包括：在国际上率先发现致动脉粥样硬化脂质浓度极化现象；首次提出植物生长的应力调控理论模型；首次在体外重建出一种新型人工红细胞，其形态、力学性质及携氧功能接近天然红细胞；将张力整合理论首次应用于骨组织工程支架研究，突破丙交酯合成关键技术，国内率先实施聚乳酸中试生产；国内首家研制出消化道定点施药微系统；国际上首次提出分子电距矢量，可作为药物设计与构效优化的重要工具。
重庆大学生物工程电子研究所
重庆大学生物医学电子工程研究所于1986年成立，其前身是1978年设立的重庆大学无线电系生物医电研究室，是国内较早开展生物医学电子工程研究团队之一。重庆大学生物医学电子工程研究所是“生物医学工程”国家一级重点学科、“生物医学工程”一级学科博士点及博士后流动站、“重庆市医疗电子工程技术研究中心”的主要支撑单位。
研究所2008年的主要的研究方向包括生物医学信息检测与仪器、生物医学微系统、生物医学图像处理等，具备先进的仪器设备和实验研究平台，建立了医学电子实验室、神经电生理实验室、医学图像处理实验室、生物医学微系统实验室、数字医学联合实验室（重庆大学-第三军医大学）、消化道药物吸收研究联合实验室（重庆大学-上海国家药物制剂工程中心）；拥有结构合理的老中青学术梯队，其中12人在国内外获得博士学位，正副教授9人。
通过20多年的辛勤耕耘，研究所为生物医学工程培养大批专业技术人才和管理人才，在国内外的生物医学工程及相关领域的科学研究、产品研发、市场经营等岗位上发挥着重要的作用。该研究所从2003年至2008年先后承担了国家“863”、国家自然科学基金、教育部及国防军工科研项目等国家、省部级课题40余项，主编和参编学术专著7部；发表学术论文120余篇，其中SCI、EI收录40余篇；获得国家级及省部级奖项7项；申请国家专利30余项，其中授权15项；获得医疗器械产品注册证3项。研究所同国内外大学、医院、研究院所、企业等建立了长期稳定的合作关系，为人才培养、技术推广、学科发展提供了良好的外部环境。
