重庆大学生物工程专业是“国家高等学校第一类特色专业建设点”，也是重庆大学重点建设的优势特色专业。本专业主要侧重于学习发酵工程、细胞工程、基因工程、生物制药工程、生物材料工程的理论及其在医药、农林、环保、材料等领域中开发应用技能。培养掌握生物工程技术及其产业化的科学原理、工艺技术过程、工程设计、药物设计、医学工程等基础理论、基本技能，能在生物技术与工程领域，从事设计、生产、管理和新技术研究、新产品开发的工程技术人才。在2012中国大学专业排行榜中（来自武书连《中国大学评价》），我们的生物工程专业被评为12个等级中的最高级--A++级，位列全国233个相同专业高校的前2%。
主干课程：生物有机化学、生物化学、分子生物学、遗传学、细胞生物学、微生物学、生工原理与设备、生物分离工程、生化工程、生物工艺学、发酵工艺学、仿生学、基因工程技术、生物制药、生物材料学等。 重庆大学生物医学工程专业是“生物医学工程”国家一级重点学科的主要支撑，拥有本科-硕士-博士-博士后完整的人才培养体系，依托省部级重点实验室、医疗电子工程技术中心等教学实验、科学研究及技术开发平台，构建了重庆大学-第三军医大学生物医学工程联合人才培养机制。本专业主要培养具有生命科学和电子信息技术、计算机技术等工程技术背景，并能运用科学和工程技术手段解决人类健康及相关科学与工程问题的复合型人才。
主干课程：生理学、人体解剖学、临床医学基础、模拟电子技术、数字电路、信号与系统、生物医学传感器、计算机在医学中的应用、医学信号处理、医学图像处理、医学成像技术、医学仪器原理与设计、单片机原理及在医学仪器控制中的应用、EDA技术在生物医学中的应用、嵌入式系统及其在医学信息处理中的应用、医疗电子仪器测量技术、医疗电子仪器的电磁兼容性设计与检测技术、医疗器械的质量控制与检测等。
