一、区别
1、实施动因不同
棚户区改造从根本上讲，是一项民生工程，目的是要解决住房条件最困难的那部分群众的住房问题，为了消除该区域住房安全隐患，完善配套设施，改善居民生活条件。
房屋征收则是为了实现某特定公共利益，如：建公立学校，修军用机场等。尽管棚户区改造具有公共利益特性，但它只是公共利益中的一种类型，是《征补条例》第八条规定的公共利益情形之一，而不能涵盖全部公共利益范畴。
2、处置对象不同
棚户区改造针对的是简易房、危房、旧房，通常以住房居多。而征收时，不受被征收房屋现状和用途限制，既可以是危旧房，也可以是新房，不管是住房，还是写字楼、商铺、厂房，甚至养殖用房，只要是公共利益之需，都可以纳入征收拆除范围。
棚户区改造可以针对国有土地上房屋和集体土地上房屋，而《征补条例》只能针对国有土地上房屋实施征收。
3、处理方式不同
棚改，棚改，意味着以改造为主，拆除为辅。
棚户区改造方式是多样化的，包括修缮加固、改建(扩建、翻建) 和拆除新建，拆旧建新是不得以而为之的方式。
二补偿标准不一样
房屋征收赔偿标准适用于《土地管理法》
第四十七条 征收土地的，按照被征收土地的原用途给予补偿。
征收耕地的补偿费用包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费。征收耕地的土地补偿费，为该耕地被征收前三年平均年产值的六至十倍。征收耕地的安置补助费，按照需要安置的农业人口数计算。
需要安置的农业人口数，按照被征收的耕地数量除以征地前被征收单位平均每人占有耕地的数量计算。每一个需要安置的农业人口的安置补助费标准，为该耕地被征收前三年平均年产值的四至六倍。但是，每公顷被征收耕地的安置补助费，最高不得超过被征收前三年平均年产值的十五倍。
征收其他土地的土地补偿费和安置补助费标准，由省、自治区、直辖市参照征收耕地的土地补偿费和安置补助费的标准规定。
被征收土地上的附着物和青苗的补偿标准，由省、自治区、直辖市规定。征收城市郊区的菜地，用地单位应当按照国家有关规定缴纳新菜地开发建设基金。
依照本条第二款的规定支付土地补偿费和安置补助费，尚不能使需要安置的农民保持原有生活水平的，经省、自治区、直辖市人民政府批准，可以增加安置补助费。但是，土地补偿费和安置补助费的总和不得超过土地被征收前三年平均年产值的三十倍。
国务院根据社会、经济发展水平，在特殊情况下，可以提高征收耕地的土地补偿费和安置补助费的标准
而对于棚改区，因为其属于国有土地，所以适用于《国有土地上房屋征收与补偿条例》的相关规定。
棚户区补偿则是根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十九条的规定
对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。被征收房屋的价值，由具有相应资质的房地产价格评估机构按照房屋征收评估办法评估确定。
对评估确定的被征收房屋价值有异议的，可以向房地产价格评估机构申请复核评估。对复核结果有异议的，可以向房地产价格评估专家委员会申请鉴定。
房屋征收评估办法由国务院住房城乡建设主管部门制定，制定过程中，应当向社会公开征求意见。
参考资料：百度百科-棚户改造房
参考资料：百度百科-房屋征收
参考资料：百度百科-土地管理法
参考资料：百度百科-国有土地上房屋征收与补偿条例