ISO9000内审员的主要职责主要包括以下几个方面：
作为审核组的代表，审核组长需与管理层进行有效的沟通，确保审核的顺利进行。他们负责控制审核流程的各个环节，对整个审核过程的执行负有全面责任。在审核工作中，审核组长拥有最终决定权，包括审核的进程和发现的重要观察结果。他们还需协助选择合适的审核组成员，制定详尽的审核计划，准备相关文件，如检查表，并向成员明确工作要求。
在质量体系的审查中，审核组长需确保体系的全面性、符合性和运行的有效性，一旦遇到重大问题或不符合事项，应立即报告给管理层，以便及时采取行动。审核结束后，他们需准确无误地提交审核报告。
而审核员则需在指定的范围内，严格遵守审核规则，以专业、客观的态度进行评估。他们需策划并高效执行分配的任务，对可能影响审核结果的问题保持警惕，并形成书面记录，报告审核发现。审核员还需确认体系的有效性与合规性，并确认体系要求的实施情况。在必要时，他们还需验证纠正措施的有效性。此外，保存相关审核文件和保持机密性也是审核员的重要职责，他们需积极配合审核组长的工作，共同推动审核的完成。
审核员必须掌握进行审核工作所需的一些基本知识，这些基本知识主要有： - 有关标准的知识 审核人员必须知道和理解ISO9001标准的全部要求。不必试图将它们全部背下来，应该掌握审核管理的知识和技能，如审核的计划，审核的组织，审核的控制等；但在审核中必须能够解释什么是良好的管理原则以及什么是良好的控制。审核人员必须充分地掌握标准以便用其中的规定支持所发出的不符合事项报告。