阿奎那的哲学对于之后的基督教神学有着极大的影响，尤其是天主教。阿奎那的思想也对西方哲学有重大影响，他保存并且修改了亚里士多德学派的思想。在哲学上，他最重要的著作是《神学大全》，他在这一书里详细阐数了他的神学系统。 阿奎那相信上帝所给予人类的启示可以分为两种：一般的启示以及特别的启示。一般的启示可以透过观察上帝创造的自然秩序而获得，这样的观察可以透过逻辑思考而获得重要的结论，例如认知到上帝的存在。阿奎那也曾提出一个知名的“五个证明的方法”（Five Ways），用五个例子来证明上帝的存在。
第一，从运动这个事实，推出一个“不动的推动者” 。所有东西都在动，世界万事万物都在别的事物的推动下处于运动变化。哪一个事物是第一推动力呢？所有的事物都还没有变动之初，是谁使它们变动呢？寻根溯源，必然存在一种不需要外力来推动、却能推动外在事物的第一推动力，那就是上帝。
第二，依据因果性原则，从结果推出一个“第一因”。 现实中我们看到的是许许多多存在的事物，但它们之所以这样存在是有其形成的原因的。所有原因又有其存在的原因，最终的那个没有原因的原因就是上帝。
第三，从许多只具有偶然性的事物，推出一个“绝对必然的存在者”。有些事情有可能性而没有必然性，但有可能发生的事情最终发生时是有必然性的。偶然的事情为何发生？偶然的事情一发生，可能性就变成必然性，使可能性变成必然性的背后因素就是上帝。
第四，依据优越等级性原则，从不完美的经验事物推出一个“最完美的存在者”。万物的至善、至美、至真，其最高目标就是上帝。
第五，目的论证明。自然界为什么不是混乱无序的，而是有序和谐的呢？为什么会又为什么需要这样呢？它的背后必然推论出存在一个有目的的宇宙“设计者”。世界秩序的设计者和统管者就是上帝，这种设计和管理是为了达到人类无法完全理解的上帝的某种目的。
但阿奎那也强调完全理性或逻辑地证明“上帝”是不可能的，上帝的存在更多来自启示，或者说是信仰，他本人认为这些只是指向上帝的方向和路标。托马斯阿奎那认为通过我们的生活经验，我们可以自然察觉：上帝的存在是一个自明的、必然的真理，而否认上帝之存在势必导致逻辑上的自相矛盾。就逻辑特征而言，这种论证是一种经验性的证明方式。它的出发点不是建立在信仰之上的定义或抽象概念，而是毋庸置疑的经验事实。
虽然人可以透过对一般启示的逻辑思考认知到上帝的存在、以及一些与上帝有关的事物，但有一些其他知识必须是要透过特别的启示才能得知的。在阿奎那来看，耶稣基督显示了上帝的存在便是特别的启示之一。而许多基督教的重要神学基础，例如三位一体的概念，也都需要透过教会和经籍的传播才能得知，而不能只透过逻辑思考获得。
在本质上，一般的启示和特别的启示其实是可以互相补充的，而不是互相对立的。 阿奎那的伦理学是根基于他所谓“行为的第一原则”之上的。在《神学大全》中他这样解释道：
美德代表了一些权力的运用。虽然人们是以结果来评价一件行动的是非，然而权力的结果只是行动而已。因此如果说权力是完美的，这也必须要取决于其行动才行。
阿奎那将审慎、节制、正义、以及坚忍列为人类的四大美德。这四大美德都是自然而与生俱来的，而且它们之间是互相连结的。不过，阿奎那也指出三大神学上的美德：信仰、希望、以及慈善。这三大神学美德是超自然的，而且在他们的目标也与其他美德不同：上帝
神学美德的目标是上帝本身，上帝是所有事物的尽头，超越了我们的理性所能取得的知识。在另一方面，智慧和道德的目标则可以为人类理性所理解。神学美德也因此与道德和智慧相当不同。
除此之外，阿奎那将法则分为四大项：永恒的、自然的、人类的、和神授的。永恒的法是上帝治理所有生物的根据，自然的法是人类在永恒法则中的“参与”部分、并且可以透过理性得知。自然法也是根基于他的“行为的第一原则”上：
…所有法的基本原则是：美德要被促展并行使、邪恶要被避免。所有其他自然法的原则都是根基于此。
而生存和繁殖的欲望则被阿奎那视为是基本（自然的）人类价值观的基础，所有人类的价值观都是由此衍生。人类的法则是属于实际法，只能套用至人类。而自然法则可以套用至政府和社会上。神授法则是上帝透过经籍给予的启示。
阿奎那否认人类对于动物负有任何慈善的责任，因为动物并不属于人类，否则以它们为食也是非法的了。不过这并不表示我们有权利虐待它们，因为“残忍的习惯可能会影响我们对待其他人类的方式。”
