阿奎那认为神学是一种科学，以文字记载的经籍和教会传统作为学术的基本资料。而这些基本资料则是来自于上帝在漫长历史中给予人类的启示。信仰和理性虽然是不同的、但却是互相关联的，这两者是研究神学资料的主要工具。阿奎那相信这两者是研究神学所不可或缺的，更确实的说，若要了解有关上帝的知识，信仰和理性的交叉点是必须的。阿奎那混合了希腊哲学和基督教的原则，主张应该理性的思考并研究自然，就如同研究上帝启示的方法一样。依据阿奎那的说法，上帝透过自然给予人类启示，也因此研究自然便是研究上帝。而神学的最终目标，在阿奎那来看，便是要运用理性以理解有关上帝的真相，并且透过真相获得最终的救赎。 阿奎那认为上帝的存在并非可以不证自明的，但却也不是无法证明的。在《神学大全》中他提出了证明上帝存在的五个证据，这个理论又常被称为“五个证明的方法”（quinquae viae）。
在讨论到上帝的本质时，阿奎那认为证明上帝的最好方法，便是先排除那些不可能是上帝的东西，这个方法又常被称为否定神学。他提出了五个上帝可能拥有的属性： 上帝是简单的，并没有各种组成的部位，例如身体或灵魂、或者物质和形式。 上帝是完美的、毫无破绽的。亦即，上帝与其他事物的差异便在于完美无暇这个特征上。 上帝是无限的。亦即，上帝并没有如其他事物一般有着实体上的、智慧上的、或情绪上的限制。但这个无限与体积或数量上的无限并不相同。 上帝是永远不变的，上帝的本质和特征是无法改变的。 上帝是一致的，上帝自己并没有多样的特征存在。上帝的一致性本质就如同上帝的存在一般。如阿奎那所说的：“‘上帝存在’这段命题必然是真的，其主题和结论皆为如此。” 阿奎那的这个证明方式也是来自于其他许多之前的思想家，如犹太哲学家迈蒙尼德（Maimonides）。 阿奎那主张上帝是完美又完整的，而且也可以以三位一体概念完整解释。这三个不同的位格（圣父、圣子、圣灵）由他们与上帝的联系所构成一体。圣父借由自我意识的联系产生圣子，而圣父和圣子接着又产生永恒的圣灵，圣灵“拥有神授的爱戴上帝、爱戴圣天父的本质。”
三位一体的存在并不与现实世界分割，相反的，三位一体的存在便是用于传递上帝的启示以及美德给人类。而这种传递则是透过化身而成的耶稣基督以及透过内心的圣灵（三位一体本身的精髓），并且由那些有被上帝救赎经验的人所进行。 在《神学大全》里，阿奎那也讨论到了耶稣基督，他首先讲述了圣经里亚当和夏娃的故事，并且描述人类原罪的负面结果。耶稣基督化身的目的是为了恢复人类的本质，协助人类移除他们身上“原罪的污染”。“神圣的智慧认为上帝应该化身为人，以这个单一而相同的化身改变人们并且提供救赎。”
阿奎那也批评了当时许多对耶稣基督抱持不同观点的历史神学家。在回复异端Photinus时，阿奎那指出耶稣是真的出自神授的，而不只是一个凡人。另一个异端学说领袖聂斯脱里认为上帝只不过是寄居了耶稣的肉身，阿奎那则回复道上帝的完整乃是耶稣的存在所不可或缺的一部分。不过，阿奎那也曾主张耶稣具有一个真正的（理性的）人类灵魂。这个说法使得耶稣有了双重的本质，也使阿奎那与阿利乌的理论产生矛盾。阿奎那也反驳了欧迪奇所提出的双重本质在化身耶稣结束后依然存在的主张。阿奎那认为这两个本质是同时存在的，但在同一个人类躯体里却是可以清楚辨别的，这个说法也与摩尼等人的理论产生差异。
简而言之，“基督有一个与我们相同本质的真实躯体、一个真实的理性灵魂，但除此之外还多出了完美的神性。”也因此，耶稣基督是统一的（三位一体）、但也可以是多重的（两个本质、肉身和神性的理论）。 在阿奎那来看，人类存在的目标是要与上帝结合并且建立永恒的连结。更具体的说，这个目标可以透过“乐福直观”（beatific vision）达成，乐福直观代表的是当人了解到上帝的本质，因而获得了完美、无止尽的幸福的境界。这个境界是在死后才能达成的，是由上帝给予那些在世时透过耶稣基督教诲而获得了救赎和赎罪的人的礼物。
这个最终的目标也与人在世时的作为有关。阿奎那指出个人的意志必须被指挥朝向正确的方向，例如慈善、和平、以及神圣，他认为这是达成幸福的途径。阿奎那以幸福的观念作为他有关道德生活的理论的轴心。意志与目标在本质上是互相联系的，因为“意志的正直可以指挥人类正确的走向最后的目标（乐福直观境界）”。那些真正试图了解并发现上帝的人也必然会爱慕上帝所爱慕之事物，这样的爱慕则需要人在每个行为的选择上坚持贯彻道德并承受结果。
