建设项目环境保护管理条例的法律责任部分规定了一系列对于违反环境保护法规行为的处罚措施。
首先，对于未经审批或未及时补办手续擅自建设的情况（第二十四条），环保部门有权责令补办或停止建设，并可能处以最高10万元的罚款，针对未在批准后5年内重新报批的情况同样适用。
如果未经批准或未经原审批机关审核同意就擅自建设（第二十五条），环保部门将勒令停止建设并恢复原状，同样面临10万元以下罚款的处罚。
在试生产阶段，如果环境保护设施未与主体工程同时运行（第二十六条），环保部门会要求整改，逾期不改将被停止试生产并罚款5万元。超过3个月未申请竣工验收的项目（第二十七条），也将被要求补办手续，逾期则停止试生产并罚款5万元。
对于未建成、未验收或验收不合格的环境保护设施（第二十八条），主体工程不得投入生产或使用，环保部门将予以停止并处以10万元罚款。
对从事环境影响评价工作的单位，若在评价工作中弄虚作假，其资格证书将被吊销，并面临所收费用1-3倍的罚款（第二十九条）。
最后，环保部门工作人员若存在徇私舞弊、滥用职权或玩忽职守行为，若构成犯罪将被追究刑事责任，未构成犯罪的也将依法受到行政处分（第三十条）。
《建设项目环境保护管理条例》于1998年11月18日国务院第10次常务会议通过，1998年11月29日发布施行。目的是为了防止建设项目产生新的污染、破坏生态环境。